Recherche des effets des contaminants chimiques sur le transcriptome de la moule zébrée (Dreissena polymorpha)

Effects of chemical contaminants on the transcriptome of the zebra mussel (Dreissena polymorpha)

• Auteur / Autrice : Florence Bultelle
• Direction : Jean-Michel Danger
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Écotoxicologie
• Date : Soutenance en 2002
• Etablissement(s) : Le Havre

Mots clés

Mots clés contrôlés

Bivalves

Polluants

PCR (génétique)

Transcription génétique

Filtres à ADN

Xénobiotiques

Mots clés libres

Dreissena polymorpha

Dd-pcr

Ssh

Résumé

Ce travail a été initié dans le but de rechercher les effets cellulaires et physiopathologiques des contaminants chimiques chez Dreissena polymorpha. Ce bivalve dulcicole est considéré comme une espèce sentinelle de la contamination chimique de l'environnement. Deux méthodes d'analyse du transcriptome en système ouvert ont, en outre, été mises en œuvre : la '' Differential Display PCR '' et la construction de banques soustractives par '' Subtractive PCR Suppression Hybridization ''. Les dreissènes ont été soumises à trois contaminations (aroclor 1254 et 3-méthylcholantrène ; atrazine ; chrysène). Un grand nombre d'ADNc candidats à une expression différentielle ont été isolés en réponse aux contaminants utilisés. Ces clones ont été systématiquement séquencés et analysés in silico dans les bases de données bioinformatiques. Les clones isolés codent potentiellement pour des protéines impliquées dans des grandes catégories fonctionnelles. Enfin, des puces à ADN comportant l'ensemble des clones isolés ont été construites. Les données recueillies doivent contribuer à une meilleure compréhension des mécanismes physiologiques et cellulaires mis en œuvre par les bivalves en réponse à une exposition à des xénobiotiques

This search has been initited with the aim of seeking cellular and physiological pathological effects of chemical contaminants in Dreissena polymorpha. The methodology used is based on analysis of transcriptome modifications in animals exposed to xenobiotics in controlled laboratory conditions. Two open approaches of transcriptome analysis, Differential Display PCR and construction of subtractive libraries by Subtractive PCR Suppression Hybridization. Zebra mussels were exposed to several contaminants (Aroclor 1254 and 3-methylcholantrene; atrazine; chrysene). A number of candidate clones for differential expression were isolated. Following sequencing of each clone, in silico screening of bioinformatics databases were performed in order to identify potential orthologous proteins. Our isolated clones are likely to encode proteins that are involved in various functional cellular mechanisms. Finally, microarrays comprising all the clones we isolated were manufactured. Sequences and data that we collected should contribute to a better understanding of the cellular and physiological mechanisms occurring in bivalves species in response to chemical contamination