Appproche méthodologique du clonage positionnel de gènes chez le blé tendre (Triticum aestivum L. )

Methodological approach of positional gene cloning in bread vwheat (Triticum aestivum L. )

• Auteur / Autrice : Didier Lamoureux
• Direction : Michel Bernard
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie moléculaire végétale
• Date : Soutenance en 2002
• Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Liaison génétique

Clonage moléculaire

Chromosomes végétaux -- Cartes

Triticum aestivum

Résumé

Le blé présente le contexte génétique difficile d'un génome polyploïde, de grande taille et largement formé d'éléments répétés. Pour savoir s'il est possible de cloner des gènes d'intérêt agronomique chez le blé, nous avons évalué la faisabilité de plusieurs méthodes : le clonage positionnel direct et le clonage par colinéarité avec le riz pris comme espèce modèle. Notre gène cible est Skr gouvernant l'aptitude au croisement interspécifique avec le seigle (Secale cereale). Ce QTL majeur de compatibilité est situé sur le bras court du chromosome 5B du blé. Nous avons développé 15 marqueurs pour le bras 5BS, essentiellement par la technique AFLP utilisée avec 149 couples d'amorces, et l'analyse de lignées aneuploïdes de ''Chinese Spring''. La cartographie sur une population issue du croisement 'Courtot' x 'Chinese Spring' (CT x CS) et l'évaluation phénotypique partielle d'une population de 800 individus issue du croisement entre CT et une lignée compatible de CT x CS ont permis de localiser Skr dans un intervalle de 5 cM. Nous avons évalué le clonage positionnel direct en essayant de créer une banque BAC de blé spécifique du chromosome 5B, chromosomes triés par cytométrie en flux. Les étapes nécessaires de synchronisation des cellules et de tri de chromosomes ont donné des résultats techniques encore insuffisants pour atteindre ce but. Le clonage par colinéarité avec le génome du riz s'est lui aussi révélé délicat, puisque Skr est dans une zone où la colinéarité avec le riz semble perturbée. La cartographie comparée des sondes RFLP de blé chez le riz, l'analyse des séquences de ces sondes et le criblage d'une banque BAC de riz ont été menés. Les résultats de cartographie, la détection d'homologies de séquence et l'identification de deux contigs BAC suggèrent des relations avec les chromosomes 5, 6, 10 et 11 du riz. Si le clonage d'un gène par cette méthode est encore prématuré, il semble possible d'en obtenir de nouveaux marqueurs moléculairesTriticum