Etude de la rétroposition des éléments sine et du partenariat sine/line chez les crucifères

Study of sine's retroposition mechanism and sine/line partnership in crucifers

• Auteur / Autrice : Laurence Lavie
• Direction : Jean-Marc Deragon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Physiologie et génétique
• Date : Soutenance en 2002
• Etablissement(s) : Clermont-Ferrand 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

ADN recombiné

Séquences LINE

Rétrotransposons

Crucifères

Arabidopsis thaliana

Résumé

Les rétroposons SINE et LINE sont des éléments transposables de classe I, c'est-à-dire que leur mobilisation nécessite une étape de transcription inverse impliquant un intermédiaire ARN. Les rétroposons LINE sont des éléments autonomes puisqu'ils codent pour les protéines nécessaires à leur rétroposition contrairement aux rétroposons SINE qui sont des éléments autonomes. L'étude des sites d'intégration des éléments SINE de la famille des crucifères nous a permis de montrer que ces rétroposons SINE ne s'intégrent pas au hasard et de manière uniforme dans le génome. En effet, ces éléments sont localisés dans des territoires chromosomiques particuliers à l'intérieur desquels ils s'insèrent dans des régions préférentielles déterminées par la séquence primaire et la structure secondaire de l'ADN. De cette façon, nous avons mis en évidence que les similarités entre les rétroposons de plantes et de mammifères peuvent s'étendre au mécanisme moléculaire d'intégration notamment par l'implication potentielle d'une endonucléase codée par élément LINE. Afin de développer un système d'étude in vivo permetant de tester les différentes modalités d'une telle relation SINE/LINE, nous avons tout d'abord caractérisé un rétroposon LINE, appelé Bali1, au sein du génome de Brassica napus pouvant être un partenaire du SINE S1 puis nous avons établi des plantes d'Arabidopsis thaliana transgéniques pour les deux types d'éléments S1/Bali1. De façon générale, nous avons montré que tous les éléments LINE des génomes d'Arabidopsis thaliana et de Brassica napus appartiennent au clade L1 et possèdent des extrémités 3' polyadénylées suggérant des relations SINE/LINE de type "polyA connection" chez les crucifères