Origine, devenir et détection rapide de microorganismes entériques pathogènes à l'interface côtière : une application aux genres Salmonella et Cryptosporidium

• Auteur / Autrice : Karine Lemarchand
• Direction : Philippe Lebaron
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences. Écologie microbienne
• Date : Soutenance en 2001
• Etablissement(s) : Lyon 1
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : École Doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Philippe Lebaron

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cytométrie en phase solide

Indicateurs de la qualité de l'eau

Eau -- Microbiologie

Microorganismes pathogènes

Cryptosporidium

Salmonelles

Résumé

De nombreux microorganismes potentiellement pathogènes pour l'homme et les animaux sont présents à l'interface côtière, où ils peuvent avoir des implications importantes en terme de santé publique, comme en terme d'activité socio-économiques. Les difficultés inhérentes à la détection des pathogènes par les techniques classiques de mise en culture (i. E. Temps, formes non cultivables) nécessitent le développement de méthodes alternatives permettant la quantification rapide de pathogène spécifiques en milieu naturel. Les travaux réalisés ont permis d'utiliser une méthode directe, couplée à une détection par cytométrie en phase solide, pour quantifier des oocystes de Cryptosporidium dans différents types d'eau, mais restent encore à être affinés dans le cas particulier des bactéries. L'analyse de la contamination du bassin versant du Tech (Pyrénées-Orientales, France) n'a pas permis d'établir une relation quantitative entre Salmonella, Cryptosporidium et deux indicateurs de pollution fécale (e. G. Coliformes thermotolérants, streptocoques fécaux). Elle confirme la nécessité de rechercher les germes pathogènes de façon spécifique dans les eaux de surface. Les flux de pathogènes à l'interface côtière peuvent être direct ou diffus. Les apports diffus sont contrôlés par la fréquence de mobilisation des sources, animales ou humaines, de contamination et par la capacité de résistance des organismes face aux facteurs biotiques et abiotiques (e. G. Salinité, rayonnement). L'analyse de la survie de sérotypes de "Salmonella enterica" provenant d'origines diverses démontre un comportement physiologique similaire pour l'ensemble des souches, conduisant à l'apparition de formes actives non cultivables. Une des hypothèses proposées afin de mieux comprendre les mécanismes à l'origine de la récurrence de certains sérotypes de "Salmonella enterica" en milieu fluvial, consiste en une sélection de cellules mutantes mieux adaptées aux conditions environnementales.