Caractères bactériens associés à la compétitivité des Pseudomonas spp. Fluorescents dans la rhizosphère

Bacterial traits associated with pseudomonads competitivity in the rhizosphere

• Auteur / Autrice : Sandrine Delorme
• Direction : Philippe Lemanceau
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Écologie microbienne
• Date : Soutenance en 2001
• Etablissement(s) : Dijon

Mots clés

Mots clés contrôlés

Rhizosphère

Pseudomonas

Écologie microbienne

Résumé

Au champ, le manque d'efficacité de la protection biologique reposant sur l'introduction de souches de Pseudomonas spp. Fluorescent a été associé au mauvais maintien dans la rhizosphère des microorganismes inoculés. Il est donc nécessaire de mieux connaître les caractères microbiens impliqués dans la compétence rhizosphérique de ces bactéries. L'objectif de notre thèse était donc d'identifier les caractères communs aux populations de Pseudomonas spp. Fluorescents compétitives dans la rhizosphère. La stratégie suivie a consisté à mettre en relation la diversité taxonomique et métabolique d'une collection de Pseudomonas spp. Fluorescents avec leur niveau de compétitivité dans la rhizosphère. L'identification taxonomique polyphasique des souches nous a conduits à décrire une nouvelle espèce (P. Lini sp. Nov). La caractérisation métabolique a porté sur leur métabolisme carboné et énergétique (utilisation de différents composés organiques comme donneurs d'électrons, et de fer et d'oxydes d'azote comme accepteurs d'électrons). Certains aspects du métabolisme secondaire ont également été pris en compte (synthèse d'antibiotiques phénazines et de NAHLs impliquées dans le phénomène de '' quorum sensing ''). Enfin, le taux de survie des souches a été comparé dans la rhizosphère de tomate cultivée en sol naturel. La mise en relation de l'ensemble des caractères étudiés à l'aide de méthodes statistiques adaptées (ACM) a permis de montrer que la bonne compétitivité des souches dans la rhizosphère est principalement associée au système d'acquisition du fer (sidérotype), à l'aptitude à réaliser toutes les étapes de la dénitrification et à l'aptitude à synthétiser des NAHLs. Par contre, il n'a pas été possible d'établir de relation entre la compétitivité rhizosphérique et un profil trophique particulier même si les populations présentant un bon taux de survie dans la rhizosphère sont toutes capables d'utiliser le tréhalose.