Contribution au développement de méthodes biomathématique et bioinformatique pour l'analyse de la structure des génomes

• Auteur / Autrice : Alia (1973-.... Ben Kahla
• Direction : Jean-Michel Claverie
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2001
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 1
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université de Provence. Section sciences

Mots clés

Mots clés contrôlés

Information génétique

Algorithmes génétiques

Programmation génétique (informatique)

Informatique

Biologie

Biomathématiques

Analyse

Génétique

Structure

Génome

Résumé

Cette these est une contribution au developpement de methodes biomathematiques et bioinformatiques pour l'etude de la structure des genomes. Cinq etudes ont ete entreprises ; elles se basent sur des genomes complets et sont pour la plupart, des analyses a grande echelle de tableaux de donnees. Pour chacune d'elle, des tests statistiques ont ete utilises pour evaluer la significativite des resultats. Deux des etudes sont des applications a la genomique fonctionnelle, l'une utilisant des donnees du transcriptome (analyse de co-expression) et l'autre utilisant la genomique comparative (analyse de co-conservation). La co-conservation a egalement permit une analyse phylogenomique de la mitochondrie de reclinomonas americana et la mise au point de deux outils detectant les recombinants chez les retrovirus. Finalement, les relations existant entre l'expression, la conservation et le biais en codon des proteines ont ete mises en evidence.