Etudes du complexe d'initiation de la retro-transcription du vih-1 et structures cristallographiques de deux partenaires

• Auteur / Autrice : PHILIPPE BENAS
• Direction : Philippe Dumas
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Psychologie
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Résumé

Ce travail concerne une etape cle du cycle replicatif du vih-1 : la retro-transcription de l'arn genomique simple-brin en adn proviral double-brin, ce dernier etant ensuite integre de facon stable dans le genome des cellules infectees. Afin de contribuer a la comprehension fondamentale des polymerases, ainsi qu'a la recherche pharmacologique en vue d'applications therapeutiques anti-sida, nous avons aborde l'etude de differents partenaires de la retro-transcription par cristallographie aux rayons x. Nous avons resolu la structure cristallographique a 2. 9 a d'une retro-transcriptase (rt) rnase h (-) en complexe avec un inhibiteur, la nevirapine. D'une part, nous avons apporte quelques corrections significatives dans le trace de la chaine polypeptidique principale de cet enzyme heterodimerique. D'autre part, l'interaction de deux rt symetriques, dans l'empilement cristallin de cette structure, presente une certaine analogie avec le mode de fixation de l'acide nucleique substrat a la rt. Puis, nous avons resolu la structure cristallographique a 3. 3 a de l'arnt 3 l y s naturel, qui est l'amorce la specifique de l'initiation de la retro-transcription du vih-1. Contrairement aux resultats structuraux anterieurs, notre structure indique sans aucune ambiguite que le repliement global du squelette ribose-phosphate, et la conformation de la boucle de l'anticodon en particulier, sont canoniques, pour l'arnt 3 l y s naturel. Dans l'empilement cristallin, les molecules d'arnt s'assemblent en superhelices maintenues par deux types de motifs structuraux inedits. L'un de ces motifs est partiellement representatif de l'interaction codon/anticodon, et expliquerait le role de la base modifiee ms 2t 6a 3 7 dans la prevention du frameshifting en direction +1, au cours de la traduction. Enfin, nous avons obtenu les premiers cristaux du complexe correspondant a la phase d'initiation de la retro-transcription, ce complexe ternaire rt/arnt 3 l y sarn viral etant hautement specifique de l'arnt 3 l y s natif et de l'arn viral. Ce resultat important permet d'esperer, qu'apres amelioration des cristaux, la connaissance de la structure fine de ce complexe revelera des motifs particuliers de l'assemblage nucleo-proteique, qui pourraient etre la cible de molecules inhibitrices efficaces.