Proteine de la nucleocapside de hiv-1 analyse par spectroscopie de fluorescence du mecanisme de liaison du zinc et du role des residus phe 1 6, trp 3 7 et trp 6 1 dans l'interaction avec des acides nucleiques cibles

• Auteur / Autrice : ELISA BOMBARDA ABABOU
• Direction : Yves Mély
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie Physique
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Strasbourg 1

Résumé

Dans le cadre de la recherche de nouvelles therapies anti-hiv, la proteine ncp7 represente une cible de choix du fait de sa sequence hautement conservee et de son implication dans de nombreuses etapes du cycle viral. L'activite de ncp7 est liee essentiellement a des interactions avec des acides nucleiques, et plusieurs de ces interactions dependent fortement de sa structure repliee induite par la coordination d'ions zn 2 +. En etudiant par spectroscopie de fluorescence, la liaison de la proteine et de ses mutants a differents oligonucleotides, nous avons mis en evidence une forte dependance des parametres de liaison en fonction de la structure et de la sequence des oligonucleotides. Par ailleurs, nous avons mis au point une methode pour resoudre simultanement les declins de fluorescence des deux residus trp de ncp7. Nous avons ainsi pu etablir que le residu trp 3 7 joue un role moteur dans l'interaction en s'empilant preferentiellement avec des residus guanine alors qu'a l'inverse, le residu trp 6 1 ne joue qu'un role mineur. Dans un deuxieme temps, des etudes a l'equilibre et des etudes cinetiques nous ont permis de mettre en evidence que la complexation du zn 2 + par le doigt cchc c-terminal est fortement dependante du ph du fait d'une competition entre les protons et le zinc pour les ligands cys et his. Dans ce contexte, nous avons pu montrer en mesurant les pk a des quatre ligands, que leur protonation est sequentielle. En outre, le mecanisme d'association du zn 2 + fait intervenir la formation rapide d'un complexe intermediaire qui se rearrange par la suite avec une cinetique plus lente. Par ailleurs, en analysant la liaison du zinc a des peptides mutes, nous avons etabli que les ligands du zn 2 + contribuent a la stabilisation du complexe selon l'ordre suivant : cys 3 6cys 3 9>cys 4 9>his 4 4. Enfin, l'ensemble des parametres de liaison nous a permis de proposer un mecanisme pour interpreter au niveau moleculaire la liaison du zn 2 +.