Construction de cartes d'hybrides d'irradiation du génome canin et intérêt du modèle canin en génétique moléculaire

• Auteur / Autrice : SOPHIE JOUQUAND
• Direction : Francis Galibert
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Rennes 1

Résumé

Parmi les mammiferes, le chien est l'animal qui presente la plus grande diversite morphologique et comportementale, ainsi qu'un des plus larges spectres de maladies genetiques, naturelles et spontanees. Plus de 150 maladies sont cliniquement similaires chez le chien et chez l'homme et, pour une vingtaine d'entre elles, il a deja ete montre que les memes genes etaient impliques chez ces 2 especes. Le chien etant physiologiquement proche de l'homme, la similarite genetique des maladies n'est pas etonnante et doit s'etendre a l'ensemble des traits phenotypiques. L'uniformite et la stabilite des phenotypes, presentes par les individus appartenant a la meme race canine, refletent l'homogeneite et l'isolement genetique des races canines. Cette uniformite a l'interieur des races, combinee a la diversite entre les races canines, fait du chien un excellent modele genetique, pour identifier les genes et dissequer les traits complexes des mammiferes, comme les maladies genetiques communes et les traits quantitatifs. Pour exploiter le modele genetique du chien dans la recherche de genes, il est necessaire de pouvoir se reperer dans le genome canin, en disposant d'une carte dense en marqueurs regulierement espaces et recouvrant l'ensemble du genome. Parmi les strategies de cartographie, nous avons choisi celle reposant sur l'utilisation des hybrides d'irradiation car elle presente, entre autre avantages, celui de permettre la localisation de marqueurs polymorphes et non polymorphes. Ainsi, les marqueurs microsatellites, developpes pour leur fort taux de polymorphisme et de leur utilite en analyses genetiques, sont aussi facilement cartographiables sur une carte d'irradiation que les marqueurs geniques, faiblement polymorphes mais indispensables pour delimiter les segments conserves au cours de l'evolution entre les genomes des differentes especes. Depuis le demarrage du projet de cartographie du genome canin au laboratoire en 1995, un panel d'hybrides chien/hamster a ete construit et parallelement, pres de 2000 marqueurs geniques ou microsatellites ont ete developpes, ce qui a permis de produire plusieurs cartes d'irradiation de plus en plus denses en marqueurs. Mon travail de these au sein de ce projet a ete de participer, dans un premier temps, a la caracterisation d'un millier de microsatellites canins et a l'etude du polymorphisme de ces marqueurs en utilisant une technique imaginee et mise au point au laboratoire. Dans un second temps, 600 microsatellites ont ete cartographies a l'aide du panel d'irradiation en utilisant une nouvelle technique de detection des produits d'amplification, qui a ete mise au point pour la premiere fois dans notre laboratoire et qui permet d'augmenter la cadence de cartographie. De ce travail est issue une carte d'irradiation qui recouvre la majorite du genome et qui contient 1225 marqueurs dont 80% sont des microsatellites et 20% des genes. Cette carte, presentant une densite de 1 marqueur en moyenne tous les 2 megabases, constitue maintenant un bon outil moleculaire pour identifier les genes canins gouvernant des traits d'interet et contribuera, ainsi, a confirmer le statut du modele canin parmi les modeles genetiques de reference.