Caracterisation moleculaire du pouvoir pathogene du virus y de la pomme de terre (pvy), en relation avec le phenomene de necrose

• Auteur / Autrice : LAURENT GLAIS
• Direction : CAMILLE KERLAN
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Rennes 1

Résumé

Le pvy, potato virus y. Appartenant a la famille des potyviridae, est le membre-type du genre des polyvirus. Historiquement, les souches pomme de terre du pvy sont divisees en trois groupes de souches : pvy o, pvy n et pvy c selon leur reaction sur nicotiana tabacum et solanum tuberosum. Depuis 1980, deux variants importants du groupe de souches pvy n ont ete decrits : le pvy n t n, qui induit la maladie des necroses annulaires superficielles sur les tubercules de pomme de terre (ptnrd) et le pvy n-w, qui cause des necroses nervaires typiques sur nicotiana tabacum, mais se differencie des isolats pvy n par sa non-reaction avec des anticorps monoclonaux anti-pvy n. En raison de l'importance economique croissante de la ptnrd, un programme de recherche a ete engage afin d'apporter de nouvelles connaissances sur le genome du pvy et de tenter d'identifier le ou les genes viraux impliques dans le phenomene de necrose sur les tubercules de pomme de terre ainsi que sur les feuilles de tabac. Dans cette optique, nous avons selectionne une gamme d'isolats pvy comprenant des isolats pvy n, pvy n t n, pvy n-w et pvy o qui se differencient par leur aptitude a induire des necroses sur ces deux plantes hotes. L'ensemble du genome et chaque gene de ces isolats sont soumis a une etude rt-pcr-rflp afin de localiser une region ou les profils de restriction sont correles aux proprietes biologiques. Ainsi la comparaison du polymorphisme genetique avec le pouvoir necrosant des isolats pvy, nous permet de proposer des hypotheses sur la localisation genetique des facteurs de la necrose. Dans le cadre de la necrose sur tabac, les resultats obtenus indiquent que la region du genome pvy responsable de ce symptome serait localisee dans les 4 000 premiers nucleotides. Plus precisement, il semblerait que le facteur assistant de la transmission aphidienne (hc-pro) soit implique, du fait que seuls les isolats necrosant (pvy n, pvy n t n, pvy n-w) presentent les memes profils de restriction au niveau de cette region. Concernant la necrose sur les tubercules de pomme de terre, la localisation precise du determinant de la necrose est plus delicate. Les resultats enregistres indiquent que les 5 600 derniers nucleotides de l'arn viral semblent jouer un role dans cette maladie. Suite a l'analyse rflp effectuee sur chaque gene, nous observons que seuls les restrictotypes obtenus au niveau des regions nia, nib et cp permettent de differencier les isolats necrotiques des isolats non-necrotiques sur tubercule de pomme de terre. Par consequent, ces regions seraient, seules ou en association, impliquees dans ce phenomene. Ce travail de these a egalement revele le caractere multi-recombinant du genome des isolats pvy n t n, et dans une moindre mesure pour celui des isolats pvy n-w. Ainsi, la propriete necrosante des isolats pvy n t n sur les tubercules de pomme de terre pourrait egalement resulter de la structure mosaique de leur genome. La succession de sequences de type pvy n et pvy o pourrait etre impliquee dans ce phenomene par des interactions specifiques entre les genes ou des parties de genes de nature differente. Pour controler ces hypothese, plusieurs mutations ciblant les genes susceptibles d'intervenir dans ces phenomenes de necrose ont ete initiees en utilisant un clone infectieux complet de pvy. Ce travail de these a egalement apporte des informations sur l'evolution du pvy en demontrant l'importance des evenements de recombinaison au sein des variants pvy n t n et pvy n-w. En conclusion, cette caracterisation genetique a permis d'acquerir une meilleure connaissance du genome du pvy, qui conduira a tres court terme a la mise au point d'outils de detection specifiques des isolats pvy variants.