Etude d'un virus bacilliforme des crevettes Penaeidae (''White Spot Syndrome Virus'', WSSV) : clonage, analyse partiel[le] du génome et outils de diagnostic

• Auteur / Autrice : Zhengli Shi
• Direction : Jean-Robert Bonami
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie des organismes
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Montpellier 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Asie

Élevage

Virologie vétérinaire

Emploi en diagnostic

Séquence nucléotidique

Modèles animaux

Génome

Banques de gènes

Génétique virale

Clonage

Chine

Virus

Crevettes

Pénéidés

Résumé

Le wssv (white spot syndrome virus) est un agent viral hautement pathogene pour les crevettes penaeidae en elevage. Il est a l'origine de l'effondrement de la production de crevettes en asie et plus particulierement en chine. Nos recherches ont d'abord porte sur la construction de differentes banques genomiques issues de fragments d'adn viral. A partir de ces donnees nous avons tente d'assembler des fragments afin de reconstituer le genome viral, d'en dresser la carte physique et d'en determiner sa taille. Un certain nombre de fragments sequences on pu etre analyses, et utilises comme outils de diagnostic. Nos resultats montrent que le wssv possede un genome d'une taille tres importante pour un virus (environ 300 kbp), montrant un profil de restriction (eco ri, hind iii et bam hi) tres complexe de par le nombre de sites detectes. L'analyse de sequences nucleiques et proteiques partielles n'a que tres peu montre de similarite avec des genes connus de virus. En revanche, certaines de ces sequences semblent plutot se rapprocher (par alignement de sequences et analyse phylogenetique) de genes d'eucaryotes comme la tata-box binding protein ou la ribonucleotide reductase. Ces resultats montrent que ce virus, malgre une convergence morphologique de sa structure avec celle des baculoviridae, serait eloigne de par ses caracteres genetiques de cette famille et appartiendrait plutot a une nouvelle famille virale. Enfin, de par son spectre d'hotes extremement large parmi les crustaces aussi bien marins que d'eau douce, le wssv apparait comme un virus extremement dangereux pour l'elevage des crustaces en general. Aussi, il etait important de developper des methodes de diagnostic specifiques, sensibles et precoces pour controler sa transmission au niveau de l'ecosysteme particulier que constitue la ferme d'elevage.