Caracterisation de micro-organismes thermophiles de la ride medio-atlantique. Description de deux nouveaux genres bacteriens

• Auteur / Autrice : Nathalie Wery
• Direction : Pierre Monsan
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Biologie - Santé. Biotechnologie
• Date : Soutenance en 2000
• Etablissement(s) : Toulouse, INSA

Mots clés

Mots clés contrôlés

Applications industrielles

Hydrolases

Archéobactéries

Eubacteriales

Microorganismes thermophiles

Résumé

A partir d'echantillons mineraux et animaux des sites hydrothermaux de la ride medio-atlantique, une collection de 80 isolats thermophiles heterotrophes a ete constituee. Les cultures d'enrichissement ont ete obtenues en placant ces echantillons dans des conditions d'anaerobiose et de thermophilie, et dans differents milieux a base de glucides (cellobiose, amidon, xylane, dextrane), de lipides et/ou de proteines, substrats dont la biodegradation possede un interet industriel. La caracterisation, par des outils de biologie moleculaire, d'une partie de la collection, a permis d'en apprehender la biodiversite. Les techniques qui ont ete mises en uvre sont les suivantes : pcr-rflp sur l'adnr 16s (ardra), rapd et sequencage de l'adnr 16s. Cette approche a permis de separer les isolats de la collection en 9 unites taxonomiques operationnelles (otu), 6 rassemblant des souches d'archaea, 3 des souches bacteriennes. Le sequencage de l'adnr 16s de quelques isolats representatifs de ces groupes a montre que plusieurs genres differents de procaryotes thermophiles etaient representes dans la collection, dont les genres thermococcus, pyroccocus et thermosipho. Des etudes phylogenetiques basees sur la comparaison des sequences d'adnr 16s ont permis d'etablir la presence d'isolats appartenant a des especes nouvelles, voire a des genres nouveaux d'archaea ou de bacteries thermophiles. L'isolat mv1075 appartient a une nouvelle espece d'un nouveau genre de l'ordre des thermotogales : marinitoga caminata. L'isolat mv1087 a ete soumis a l' international journal of systematic and evolutionary microbiology comme que souche type d'une nouvelle espece d'un nouveau genre de bacterie thermophile de l'ordre des clostridiales : caloranaerobacter azorensis. Cette souche a par ailleurs fait l'objet d'une etude de croissance sous pression hydrostatique (de 0. 5 a 65 mpa) menee au jamstec (yokosuka, japon). Cette etude a montre que l'espece c. Azorensis etait barotolerante, et adaptee a la pression de son point de prelevement. Enfin, concernant les potentialites industrielles de la collection, l'effet du substrat caracteristique du milieu d'enrichissement (amidon, xylane etc) a ete teste sur la croissance des differents isolats. Ceci a permis de selectionner une dizaine d'isolats susceptibles de posseder les activites enzymatiques recherchees.