Analyse biophysique des interactions de la proteine de la nucleocapside de vih-1 avec les acides nucleiques

Biophysical analysis of interactions between the nucleocapsid protein of hiv-1 and nucleic acids

• Auteur / Autrice : CONSTANCE VUILLEUMIER
• Direction : Yves Mély
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées
• Date : Soutenance en 1999
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Résumé

Dans le cadre de la recherche d'agents anti-vih-1, la proteine de la nucleocapside, ncp7, constitue une cible de choix de par son implication au niveau de nombreuses etapes du cycle de replication viral. Son activite etant souvent reliee a des interactions avec les acides nucleiques, nous nous sommes interesses au mecanisme de liaison ncp7-arn et -adn afin de mieux comprendre le mode d'action de la proteine. Dans un premier temps, nous avons determine, par spectroscopie de fluorescence, les parametres de la liaison de la proteine ncp7 avec des hexanucleotides de sequences variees. Cette etude nous a permis de mettre en evidence une forte dependance de l'affinite de la liaison en fonction de la sequence de l'oligonucleotide, la sequence d(tgtgtg) ayant une affinite superieure a celles de l'ensemble des sequences testees. L'utilisation de mutants proteiques a revele l'importance des motifs doigts de zinc de la proteine dans sa liaison avec les acides nucleiques notamment par l'empilement du residu trp#3#7 sur la base d'un residu guanosine. L'etude des interactions non specifiques ncp7-arn#p#h#e#t a montre que, dans le cadre de la liaison aux arn de plus grande taille, les bras n- et c-terminaux sont egalement impliques principalement par le biais d'interactions electrostatiques mettant en jeu les acides amines basiques. Par ailleurs, nous avons compare l'affinite des sites specifiques et non specifiques d'un fragment d'arn genomique en interaction avec la proteine ncp7. La faible difference entre ces affinites nous a permis de conclure qu'il n'existe pas de site de haute affinite sur le fragment teste. Enfin, l'etude des proprietes agregeantes de la proteine ncp7 a permis de mieux comprendre les activites de la proteine telles que les fonctions de protection, d'hybridation et de compaction. Dans des conditions definies de concentration en proteine, en sel, et de rapport nucleotides/proteine, la proteine ncp7 possede la propriete d'agreger et de compacter les acides nucleiques en particules denses, spheriques et de tailles homogenes.