Etude de la diversité génétique de souches humaines et environnementales de Mycobacterium avium à l'aide de trois méthodes génotypiques

• Auteur / Autrice : Martine Pestel-Caron
• Direction : Jean-François Lemeland
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1999
• Etablissement(s) : Rouen

Mots clés

Mots clés contrôlés

Polymorphismes de longueur des fragments de restriction

Électrophorèse en champ pulsé

Électrophorèse sur gel

PCR (génétique)

Mycobactérioses

Génotype

Mots clés libres

Mycobacterium avium

Exploration microbiologique

Typage

Réaction chaîne polymérase

Diversité génétique

Biologie moléculaire

Technique

Epidémiologie

Isolat clinique

Résumé

Malgré l'accroissement exponentiel de l'incidence des infections à mycobactéries du complexe avium intracellulare (MAC) chez les patients infectés par le VIH dès le milieu des années 80, les caractéristiques épidémiologiques de ces infections sont encore très mal connues à ce jour, justifiant la mise en oeuvre de travaux de typage moléculaire de souches humaines et environnementales de MAC. Notre travail a consisté en l'évaluation de deux méthodes d'étude de la diversité génétique de souches : d'une part, une technique de RFLP associée à la séquence d'insertion IS1245, d'autre part une méthode fondée sur l'amplification par PCR des séquences génomiques situées entre deux séquences d'insertion, IS1245 et/ou IS1311, comparativement à l'électrophorèse en champ pulsé, considérée comme méthode de référence. Nos résultats ont montré que le pouvoir discriminant du RFLP IS1245 et de la méthode de typage par PCR pouvait être limité lors de l'investigation de la diversité génétique de souches de M. Avium dans des contextes épidémiologiques complexes, en particulier lors de la recherche de souches communes à plusieurs patients ou d'une source environnementale responsable d'infection à M. Avium. La simplicité et la rapidité de la PCR en font, en revanche, une méthode adaptée aux investigations rapides et/ou comportant peu d'isolats. L'électrophorèse en champ pulsé reste la méthode de choix à utiliser pour une caractérisation moléculaire fiable des souches, malgré son caractère fastidieux. La mise en oeuvre de ces techniques d'analyse moléculaire nous a permis, par ailleurs, de mettre en évidence l'importante diversité génétique des souches cliniques de M. Avium isolées au CHU de Rouen de 1993 à 1998, et de suspecter l'existence d'infections croisées entre patients avec ou sans lien épidémiologique.