Diversite moleculaire et serologique du virus de la panachure jaune du riz en afrique et aspects epidemiologiques en code d ivoire

• Auteur / Autrice : KOFFI PLACIDE N'GUESSAN
• Direction : Denis Fargette
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques fondamentales et appliquées
• Date : Soutenance en 1999
• Etablissement(s) : Montpellier, ENSA

Résumé

La panachure jaune du riz causee par un sobemovirus (rice yellow mottle virus, rymv) et transmise par coleoptere est une maladie virale recente, et aujourd'hui la plus importante du riz en afrique. La diversite du rymv en afrique a ete etudiee par sequencage apres amplification par rt-pcr du gene de la proteine de capside (pc) et de la partie 3 non codante de 40 isolats originaires de differents pays d'afrique. L'analyse phylogenetique a revele cinq souches dont trois en afrique de l'ouest (s1, s2, s3) et deux en afrique de l'est (s4, s5). Les proprietes serologiques de plus de 100 isolats (incluant les 40 precedemment decrits) ont ete etudiees a l'aide d'anticorps polyclonaux et monoclonaux. L'epidemiologie de la maladie a ete apprehendee sur la base des proprietes des souches en cote d'ivoire. Les cinq souches ont des proprietes immunologiques contrastees et, globalement, les typages moleculaire et serologique aboutissent au meme regroupement. Six sites antigeniques discriminants localises dans le domaine s de la pc ont ete mis en evidence par epitope mapping. La divergence entre sequences d'isolats d'afrique de l'ouest (6%) est environ deux fois moins elevee (11,2%) que celle entre isolats d'afrique de l'est, en depit du plus grand nombre d'echantillons sequences suggerant des pressions de selection differentes entre les deux regions, peut-etre plus anciennes et/ou plus diversificatrices en afrique de l'est. En cote d'ivoire, deux souches (s1 et s2) sont predominantes. La souche s2 est numeriquement majoritaire, notamment en zone de foret au sud et de foret et de savane au centre du pays, regions caracterisees par une forte activite rizicole. La souche s1, au contraire, presque absente des zones de forets, est minoritaire dans l'ensemble du pays, a l'exception des regions de savane au nord, ainsi que dans les pays au nord de la cote d'ivoire. Les isolats des deux souches provoquent des pertes de production sur la plupart des varietes de riz testees, a l'exception des varietes tog 5672 (o. Glaberrima) et gigante (o. Sativa indica) dont la resistance elevee n'a ete surmontee par aucun isolat. Chez la variete japonica idsa 6, les isolats de la souche s2 provoquent des pertes de recolte plus fortes que ceux de la souche s1. En revanche, chez les varietes indica les differences d'agressivite entre isolats ne sont pas reliees a la souche d'appartenance. En co-inoculation, on observe une dominance des isolats de la souche s2 sur ceux de la souche s1 quelles que soient les conditions d'experimentation (sequence d'inoculation, variete, temperature). L'analyse des sequences d'isolats d'agressivite differente a revele deux zones de la pc associees aux differences de pathogenie. L'existence de plusieurs souches de rymv aux distributions geographiques et aux proprietes biologiques contrastees est discutee en relation avec les differences entre les graminees sauvages hotes primaires de la maladie au sein desquelles les differences souches de rymv ont co-evolue avant leur passage recent et massif sur le riz cultive.