Virus GB-A et GB-C (famille Flaviviridae) : épidémiologie, caractérisation moléculaire, phylogénie et évolution

• Auteur / Autrice : Rémi Charrel
• Direction : Philippe de Micco
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Médecine. Maladies transmissibles et pathologies tropicales
• Date : Soutenance en 1999
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2

Mots clés

Mots clés contrôlés

Virus GB-A

Épidémiologie moléculaire

Virus de l'hépatite G

Infections à Hepacivirus

Mots clés libres

Virus GB-A

Virus GB-C

Hépacivirus

Virus épatite G

Epidémiologie moléculaire

Phylogénie

Résumé

Les virus GB-A et GB-C ont été découverts en 1995. Ils appartiennent à la famille des Flaviviridae et sont provisoirement classés dans le genre Hepacivirus. Le virus GB-A (GBV-A) a été isolé chez six espèces de singes du Nouveau-Monde appartenant à l'ordre des Primates. Le virus GB-C, aussi dénommé virus de l'hépatite G (GBV-C/HGV) infecte l'homme. Sa répartition est cosmopolite et la prévalence virémique varie entre 0. 7 et 12% de la population selon les pays. Trois populations à risque ont été testées: des patients hémodialysés, des patients transplantés rénaux et des prisonniers. Les prévalences virémiques sont significativement plus élevées que dans la population générale. Cependant aucun syndrome clinique ou biologique n'a pu être associé à l'infection. La séquence complète d'une souche de GBV-C/HGV a été déterminée à partir du sérum d'un donneur de sang français. Cet isolat est génétiquement représentatif de la population virale circulant en Europe. Les relations phylogénétiques entre les 34 séquences complètes de GBV-C/HGV et celles des autres membres du genre Hepacivirus ont été analysées. Les groupements phylogénétiques et les courbes de distribution des distances génétiques sont en faveur de l'existence d'un génotype unique. L'analyse d'un fragment de 157 nucléotides dans la région 5' non codante permet d'assigner les isolats dans trois groupes principaux en corrélation avec leur origine géographique (Afrique, Europe et Amérique du nord, et Asie). Récemment un virus GBV-C/HGV-like a été isolé chez le chimpanzé. L'étude phylogénétique démontre que GBV-A d'une part et GBV-C/HGV et GBV­C/HGV-like d'autre part possèdent un ancêtre phylogénétique commun estimé à 35 millions d'années. La comparaison de la phylogénie des souches virales avec la phylogénie de leur hôtes primates humains et non humains suggère l'existence d'un mécanisme de co-évolution.

GB virus A and GB virus C were discovered in 1995. They belong to the Flaviviridae family and are provisionally classified into the genus Hepacivirus. GB virus A (GBV-A) has been isolated from six species of New World monkeys belonging to the order of Primates. GB virus C, also known as hepatitis G virus (GBV-C/HGV) infects humans. GBV-C/HGV is a cosmopolitan virus, which prevalence of viremia ranges from 0. 7% to 12% of the population depending on the countries. We studied the epidemiology of GBV-C/HGV in 3 exposed populations: patients undergoing maintenance hemodialysis, kidney transplant recipients and prisoners. The prevalences of viremia were significantly higher in these groups than in the control population. However, no evident clinical or biological syndrome was found in infected individuals. We determined the complete coding sequence of a viral strain isolated from the serum of a French blood donor. This isolate is genetically representative for the viral population that can be isolated in Europe. Phylogenetic relationships between the 34 complete sequences of GBV-C/HGV and these from the other members of the Hepacivirus genus were analyzed. The phylogenetic grouping patterns and the distribution of the genetic distances support the acknowledgement of an unique genotype. The analysis of a 157-nucleotide fragment in the 5' non coding region allows to group the isolates in three major clusters in correlation with their geographical origin (Africa, Europe and North America, and Asia). Recently, a GBV-C/HGV-like virus was isolated from a chimpanzee. Phylogenetic analysis demonstrated that GBV-A on one hand and GBV-C/HGV and GBV-C/HGV-like on other hand have shared a common ancestor estimated around 35 million years ago. Comparison between phylogenetics of the viruses and their respective human and non human primate hosts suggest that a mechanism of co-evolution has occurred.