Les familles multigeniques comme etape dans l'analyse fonctionnelle des genes : quelques exemples tires de l'etude de sequences genomiques d'arabidopsis thaliana

Gene families as a step in the functional analysis of genes : exemples from the study of genomic sequences of arabidopsis thaliana

• Auteur / Autrice : SEBASTIEN ALBOURG
• Direction : Alain Lecharny
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1998
• Etablissement(s) : Paris 11

Résumé

La duplication des genes, generatrice de paralogues, est a l'origine de nouvelles fonctions. Le programme international de sequencage du genome nucleaire d'arabidopsis thaliana a deja fourni la sequence de plus du tiers des 120 mb du genome total. La caracterisation des genes et de leur structure est la premiere etape dans l'analyse fonctionnelle de ces sequences. Dans la premiere partie de ce travail, les 19 genes contenus dans 90 kb de sequence du chromosome iv sont analyses par une methode alliant approche informatique et approche biologique. Ensemble, ces genes ont 113 paralogues dans la partie connue du genome. Deux larges familles de genes, codant pour les arn helicases a boite dead et pour les proteines dyw/sna, regroupent, respectivement, 32 et 62 membres. La deuxieme partie de ce travail concerne la caracterisation de ces deux familles. Les genes de la famille dyw/sna, specifiques des plantes, sont majoritairement sans introns, comme 25% des genes chez a. Thaliana. Malgre cela, leurs produits montrent une structure modulaire originale. A l'oppose, les genes paralogues de la famille des arn helicases a boite dead ont la tres rare particularite de n'avoir aucune conservation dans la position et le nombre de leurs introns. Les arn helicases a boite dead sont constituees d'une partie centrale tres conservee et d'un certain nombre d'extensions terminales importantes pour la definition de leur fonction. Les caracteristiques de ces deux familles montrent que des familles de genes d'a. Thaliana peuvent etre soumises a des forces evolutives differentes et posent la question de leur genese.