Clonage positionnel de genes d'avirulence chez le champignon pathogene du riz magnaporthe grisea

Map-based cloning of avirulence genes in the rice blast fungus magnaporthe grisea

• Auteur / Autrice : WALY DIOH
• Direction : MARCHENRI LEBRUN
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1998
• Etablissement(s) : Paris 11

Résumé

Magnaporthe grisea est un champignon ascomycete responsable de la principale maladie du riz la pyriculariose. Notre projet de recherche est d'isoler par clonage positionnel, les genes d'avirulence avrku86-1, avrmednoi-1 et avrirat 7-1, genetiquement independants et precedemment identifies dans le croisement entre isolats guy11 et 2/0/3 (silue et al. 1992). Des marqueurs rapd lies aux genes d'avirulence en segregation ont ete tout d'abord identifies en utilisant la methode du bulk segregant analysis. La grande majorite de ces marqueurs (7/11) correspond a des fragments de jonction entre sequences repetees de type transposon et des sequences non caracterisees chez m. Grisea. Les marqueurs rapd lies ont ete caracterises et ont servi de points de depart de marches chromosomiques vers les 3 genes d'avirulence. Deux banques cosmidiques, celle realisee avec l'isolat guy 11, et celle du descendant 96/0/76 construite lors de cette etude ont ete criblees par hybridation ou par rapd-based screening. Cette derniere methode consiste a identifier par une analyse rapd, le cosmide contenant le marqueur lie au gene d'avirulence. La caracterisation des cosmides, a l'image de celle des marqueurs rapd lies, revele une abondance de sequences repetees dispersees nouvelles et deja caracterisees (mgr 583, mgr768 et pot2). Les cosmides d31c12 et g08e2 situes au niveau du locus avrirat7-1 transforment l'isolat virulent 2/0/3 en un isolat avirulent. Ils contiennent le gene d'avirulence avrirat7-1. Le cosmide d31c12 a ete aussi utilise pour transformer l'isolat ph19. Les transformants ph19 et 2/0/3 du cosmide ont ete inocules sur des cultivars et lignees isogeniques de riz. Le gene de resistance interagissant avec avrirat7-1 est present dans la lignee isogenique c101lac et dans les cultivars dj8-341, carreon, ir1529, bw100, ir64. Ce dernier cultivar a ete utilise en croisement avec le cultivar sensible azucena pour construire une carte genetique du riz. Il est donc possible d'envisager la cartographier, puis le clonage positionnel du gene de resistance interagissant avec avrirat7-1. Le cosmide d31c12 a ete sous clone en quatre fragments chevauchants, dans le but d'identifier les sequences necessaires a l'expression du gene d'avirulence. Les trois sous clones testes ne complementent pas l'isolat avirulent 2/0/3. Le gene serait donc probablement localise dans le quatrieme sous clone bgli / noti de 6,5 kb. Ce sous clone a deja ete introduit dans l'isolat virulent 2/0/3 et les transformants obtenus sont actuellement testes en inoculation sur le cultivar de riz irat7. L'identification du sous clone portant avrirat7-1, puis de la sequence de ce gene permettra de rechercher de la fonction de ce gene.