Modélisation de la réactivité enzymatique par le formalisme LSCF et étude des effets électrostatiques à longue distance : application à l'activation du récepteur de la thrombine

Modeling of the enzymatique reaction by the LSCF formalisme application to the thrombin-receptor complex

• Auteur / Autrice : Ahmed Mokrane
• Direction : Alain Cartier
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Chimie informatique et théorique
• Date : Soutenance en 1997
• Etablissement(s) : Nancy 1
• Partenaire(s) de recherche : autre partenaire : Université Henri Poincaré Nancy 1. Faculté des sciences et techniques

Mots clés

Mots clés contrôlés

Récepteurs

Thrombine

Potentiel, Théorie du

Théorie quantique

Électrostatique

Molécules

Résumé

L'objectif de ce travail est l'étude du chemin réactionnel de l'activation du récepteur d'un enzyme par ce dernier dans le cadre de la méthode hybride mécanique quantique/mécanique moléculaire LCSF (Local Self Consistent Field). Pour ce faire, nous avons apporté une amélioration méthodologique au logiciel GEOMOP (logiciel basé sur le formalisme LSCF), permettant de traiter les interactions à longue distance en gagnant un temps de calcul considérable (accélération d'un facteur moyen de 3), au prix d'une perte de précision infime. Nous avons aussi introduit une méthodologie permettant une étude de l'influence de la polarisation de l'environnement protéique sur la stabilité des intermédiaires de la réaction. En effet, le champ de réaction dû au continuum qui représente la contribution de la polarisation du milieu (environnement protéique) dans les interactions entre partie quantique et classique, stabilise les intermédiaires réactionnels de quelques kcal/mol. L'application au complexe thrombine/récepteur de la thrombine nous a permis de comprendre la base pour étudier des molécules pharmacologiques actives qui pourraient soit bloquer le récepteur, soit bloquer la thrombine.