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des thèses françaises
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Etude moléculaire de la dénitrification chez Rhodobacter sphaeroides forma sp. Denitrificans : rôle de deux protéines inconnues
| Auteur / Autrice : | Carole Schwintner |
| Direction : | Pierre Richaud |
| Type : | Thèse de doctorat |
| Discipline(s) : | Biologie cellulaire et microbiologie |
| Date : | Soutenance en 1997 |
| Etablissement(s) : | Aix-Marseille 2 |
| Partenaire(s) de recherche : | Autre partenaire : Université d'Aix-Marseille II. Faculté des sciences |
Résumé
L'etude de la regulation de la denitrification chez rhodobacter sphaeroides forma sp. Denitrificans avait mis en evidence la forte induction par les nitrates de la synthese des quatre enzymes impliquees dans ce processus (nitrate, nitrite, no et n#2o reductases) mais egalement de deux proteines de petite taille (32 et 35 kda), l'une cytoplasmique, l'autre periplasmique. Avant d'etudier leur role, nous avons desire caracteriser au prealable le genome de cette bacterie afin de rechercher l'existence d'eventuels clusters de genes lies a la fonction denitrification. Ainsi, nous avons montre que cette bacterie possede deux plasmides de grande taille : 102 et 115 kb. Les differents genes impliques dans la denitrification ne sont pas rassembles en clusters. Seuls les genes codant pour la reduction du n#2o (nos) sont portes par un plasmide : celui de 115 kb. Les autres genes etudies, codant pour les nitrate et nitrite reductase ainsi que pour les deux proteines inconnues, sont portes par le chromosome, ceux des proteines inconnues etant contigus. Par la suite, nous avons pu isoler et analyser certains genes codant pour la nitrate reductase (genes napabc) et pour la n#2o reductase (genes noszdfyl). Ces genes presentent d'importantes homologies avec les genes nap et nos deja isoles chez d'autres bacteries. L'analyse des genes codant pour les proteines inconnues montre que la proteine cytoplasmique comporte une signature caracteristique des dihydrodipicolinate synthases, enzymes intervenant dans la synthese de la lysine. Quant a la proteine periplasmique inconnue, les homologies retrouvees dans les banques ne sont pas significatives. L'etude d'un mutant defectif en proteine cytoplasmique inconnue montre que cette proteine ne peut etre la dihydrodipicolinate synthase puisqu'elle pousse sur milieu minimum. De nombreuses variations apparaissent dans la synthese des differentes proteines etudiees qui nous font penser a un role possible de repression.