Etude de la taxonomie et de l'ecologie bacteriennes par l'analyse des sequences d'arn ribosomiques 16s

A study of bacterial taxonomy and bacterial ecology by analysis of small-subunit ribosomal rna sequences

• Auteur / Autrice : RAYMOND RUIMY
• Direction : Richard
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques fondamentales et appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

L'analyse comparative des sequences d'arn ribosomiques 16s a revolutionne la taxonomie bacterienne en permettant d'etablir une phylogenie des especes bacteriennes. En consequence, de nombreux genres et familles ont ete remanies. Nous avons poursuivi cette mise a jour en determinant et analysant par les methodes de phylogenie moleculaire les sequences d'arnr 16s de bacteries appartenant aux genres du phylum des proteobacteries (aeromonas, photobacterium, plesiomonas, vibrio) et du groupe cmn (nocardia, corynebacterium, gordona, rhodococcus). Nous avons ensuite decrit de nouvelles especes appartenant a ces genres et suggere, sur la base de nos resultats, qu'une bacterie dont la sequence d'arnr 16s est differente de plus de 1. 5 % de toute autre sequence est generalement une nouvelle espece. Au dessous de cette limite, les resultats des analyses phylogenetiques indiquent avec quelles bacteries les hybridations adn/adn devont etre realisees. En comparant les sequences d'arnr 16s, il est egalement possible de deduire des sequences signatures a differents niveaux taxonomiques. Nous avons par exemple determine une paire d'oligonucleotides qui ont permis par pcr de cibler specifiquement une souche bacterienne responsable d'ifections neonatales alors qu'elle est phenotypiquement confondue avec haemophilus influenzae biotype iv. Nous avons utilise une sonde fluorescente pour quantifier le contenu cellulaire en arnr au cours des differentes phases de la croissance bacterienne par un systeme d'analyse d'image couple au microscope a epifluorescence et montre qu'il reflete vraisemblablement l'etat d'activite bacterienne. Enfin, nous avons evalue les applications de l'analyse des sequencs d'arnr 16s pour etudier la diversite des populations bacteriennes de deux environnements differents : argile de grande profondeur pauvres en bacteries cultivables et la matiere particulaire en mer mediterranee riches en bacteries. En conclusion, l'analyse des sequences d'arnr 16s permet de caracteriser et de detecter une souche bacterienne beaucoup plus precisement que les methodes phenotypiques. C'est la meilleure approche pour estimer la divesite des populations bacteriennes d'echantillons provenant de l'environnement.