Modelisation de la flexibilite et la structure fine des acides nucleiques

Molecular modelling of nucleic acid fine structure and flexibility

• Auteur / Autrice : SANJAY SANGHANI
• Direction : Richard Lavery
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

La reconnaissance specifique de certaines sequences d'acides nucleiques par les drogues ou les proteines depend de la conformation et de la flexibilite locale de la double helice. Dans un premier temps nous avons utilise des techniques de modelisation moleculaire afin d'etudier la structure fine des hybrides adn-arn. Nous avons montre que leurs structures sont intermediaires aux structures canoniques d'adn a et b, et que le brin adn est tres flexible. De plus, certaines transitions conformationnelles d'angles diedres du squelette phosphodiester qui avaient ete proposees par des etudes experimentales se sont revelees etre moins stables que les formes canoniques. Ensuite, grace a des nouvelles contraintes superhelicoidales dans le logiciel jumna, nous avons pu etudier la courbure intrinseque de l'adn ainsi que celle induite par la neutralisation des groupements phosphates. Pour chaque cas nous avons etudie les aspects conformationnels et energetiques de la courbure et nous avons ete en mesure de donner une explication au niveau atomique des facteurs responsables de la courbure