Analyse d'images de cultures cellulaires obtenues par microscopie optique : application a des images de neuroblastomes de souris

Image analysis of cells cultures obtained by optic microscopy application to mouse neuroblastoms cells

• Auteur / Autrice : Florence Cloppet
• Direction : Georges Stamon
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Informatique
• Date : Soutenance en 1996
• Etablissement(s) : Paris 5

Mots clés

Mots clés contrôlés

Techniques de culture cellulaire

Neuroblastome

Dissertations universitaires comme sujet

Souris

Résumé

Notre etude concerne l'analyse d'images de cellules de type neuronal en cultures. Elle consiste a extraire les differentes entites cellulaires presentes dans l'image de maniere a permettre, dans une etape ulterieure, la saisie de parametres morphologiques precis. En effet, l'obtention de donnees quantitatives morphologiques precises est particulierement interessante dans le domaine des neurosciences, car il semble qu'un certain nombre de neuropathologies soient liees a des alterations morphologiques des cellules de certaines structures du cerveau. D'autre part, nous disposons avec les cultures cellulaires d'un outil permettant de tester a grande echelle des produits, qui peuvent entrainer des variations morphologiques comme le developpement de prolongements ou la retraction de ceux-ci. Ainsi, nous avons chosi un modele de cellules en culture permettant d'obtenir des variations morphologiques, notamment au niveau des prolongements des cellules. L'objectif de ce travail est donc de traiter les images saisies sur ces cultures de cellules vivantes et non colorees, afin d'extraire les caracteristiques morphologiques observees lors d'experiences de quantification de l'effet de substances toxiques ou non. Pour cela, nous avons apporte un soin particulier a la methode de segmentation, traitement de bas niveau dont l'importance est cruciale dans un systeme d'analyse d'images. La methode developpee permet d'extraire des formes de topologie et de morphologie complexes, et de structurer en partie l'information fournie en resultat. Elle est fondee sur une methode de croissance de regions par deformation geometrique de contours polygonaux, qui coopere avec des informations de type contours afin d'obtenir une bonne detection des corps cellulaires et des prolongements. Ce traitement n'etant generalement pas suffisant pour obtenir les differentes entites cellulaires avec leurs prolongements respectifs, nous decrivons finalement une methode de decoupage des formes obtenues lors de l'etape de segmentation. Celle-ci s'appuie sur l'information obtenue par le calcul du squelette (des formes a decouper) a l'aide d'un diagramme de voronoi simplifie : le reseau bissecteur.