Drosoposon : une base de connaissances sur la localisation chromosomique des éléments transposables chez la drosophile
Auteur / Autrice : | Christine Hoogland |
Direction : | Christian Biémont |
Type : | Thèse de doctorat |
Discipline(s) : | Sciences |
Date : | Soutenance en 1996 |
Etablissement(s) : | Lyon 1 |
Jury : | Examinateurs / Examinatrices : Christian Biémont |
Mots clés
Résumé
Les elements transposables sont des sequences repetees d'adn ayant la capacite de se deplacer dans le genome. De par leur presence, leur nombre et leur mobilite, ces sequences sont industrices de mutations genetiques et de remaniements chromosomiques dont les effets peuvent etre favorables, nefastes ou neutres selon le niveau ou l'on se place (moleculaire, cellulaire, populationnel). En fait, bien que ces elements transposables aient la potentialite d'envahir le genome, leur nombre est regule. Les mecanismes permettant d'expliquer ces observations sont cependant loin d'etre elucides. Plusieurs modeles theoriques sont proposes dans la litterature, mais ils ne sont pas toujours reellement eprouves, meme chez la drosophile pour laquelle les donnees commencent pourtant a s'accumuler. Dans le but de regrouper les informations dispersees dans la litterature afin de pouvoir tester les modeles theoriques de dynamique des elements transposables sur des jeux de donnees plus importants, nous avons realise une base de connaissances sur la localisation chromosomique des elements transposables chez la drosophile, appelee drosoposon. La base a ete construite avec shirka, un systeme de gestion de bases de connaissances a objets ecrit en lisp, pour la partie representation des connaissances, et avec aida, une extension au langage lelisp permettant la construction d'interfaces graphiques. L'utilisateur de drosoposon dispose d'un outil lui permettant d'obtenir rapidement la description de ses echantillons personnels. La disponibilite simultanee des donnees de la litterature integrees dans le systeme permet d'y confronter les nouvelles donnees, afin de comparer elements, populations, especes. Ainsi, le traitement des donnees actuellement disponibles a permis de refuter l'idee pourtant largement admise d'un role majeur de la recombinaison dans le controle du nombre de copies des elements transposables dans les genomes et les populations.