Recherche Avancée

Thèse soutenue

Modélisation des interactions anticorps-antigène : application à une maladie auto-immune, la myasthénie

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Auteur / Autrice : Piotr Orlewski
Direction : Manh Thông Cung
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Génie des procédés
Date : Soutenance en 1996
Etablissement(s) : Vandoeuvre-les-Nancy, INPL
Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Chimie Physique Macromoléculaire
Jury : Président / Présidente : Michel Marraud
Rapporteurs / Rapporteuses : Françoise Vovelle, Jean-Pierre Girault

Résumé

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Ce mémoire est consacré à l'élucidation des propriétés structurales des analogues du décapeptide de la région immunogène majeure (MIR) du récepteur de l'acétylcholine (RACh) afin de détecter certaine corrélation entre leur structure et activité d'une part, et du complexe peptide MIR/anticorps d'autre part, par modélisation moléculaire. Nous avons effectué une étude comparative de la structure à l'état libre (en solution dans le DMSO et en milieu micellaire) du MIR et de plusieurs de ses [Ala]-analogues plus ou moins affines envers l'anticorps anti-RACh, et sur la structure de l'analogue [A76]MIR complexé par un anticorps monoclonal. Pour atteindre les informations structurales, nous avons mené les calculs de dynamique moléculaire sous plusieurs aspects, dans le vide et en présence explicite de molécules de solvant (dans les boites de DMSO et d'eau). Le repliement Beta I/III de la séquence NPAD est indispensable à la reconnaissance du peptide par l'anticorps anti-RACh. La partie C-terminale adopte une structure peu courante formée par un pseudocycle à 11 atomes. On observe une réorientation des chaines latérales hydrophobes qui interviennent probablement dans la reconnaissance antigène-anticorps. Nous avons appliqué la technique de modélisation par homologie de séquence à la construction de la structure 3D du fragment scFv d'un anticorps anti-RACh pour modéliser son site de liaison. Ensuite, à partir de la conformation du ligand au contact de l'anticorps, nous avons reconstitué la structure du complexe antigène-anticorps par docking