Etude conformationnelle de biomolecules par rmn et modelisation moleculaire parametres dynamiques de disaccharides et de triribonucleotides

Conformational study of biomolecules using nmr and molecular modelling disaccharides and triribonucleotides dynamicals parameters

• Auteur / Autrice : NADIA BOUCHEMAL-CHIBANI
• Direction : André Pierre Joseph Rassat
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1995
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

L'analyse conformationnelle et dynamique a ete realisee sur des fragments de pectines, le dimere de l'acide digalacturonique et l'arabinobiose d'une part, et des triribonucleotides, r(acc) et r(aac) d'autre part par une approche combinee de resonance magnetique nucleaire et modelisation moleculaire. L'ensemble des conformeres privilegies issus de la mecanique moleculaire a ete valide par les simulations des donnees de rmn (constantes de couplage et volumes noesy) en utilisant pour ce dernier parametre differents modeles physiques pour tenir compte de la flexibilite moleculaire. Les calculs realises a trois temperatures pour les oligoribonucleotides donnent une estimation approximative du degre d'empilement qui reproduit assez correctement celui determine par la spectroscopie optique (uv et dichroisme circulaire). Les parametres de relaxation (temps de relaxation longitudinale et constantes de vitesse de relaxation croisee) qui conduisent aux temps de reorientation moleculaire, aux temps de correlation et amplitude des mouvements internes reproduisent le comportement dynamique en solution de ces oligomeres. En parallele, les parametres des mouvements internes sont mis en evidence par des simulations de trajectoires de dynamique et conduisent a situer ceux-ci sur la meme echelle de temps que le mouvement global. Une approche de l'etude de polysaccharides natifs est abordee par rmn pour etablir l'architecture des pectines. Des analyses realisees a partir de mesures quantitatives en rmn du proton et du carbone sur des solutions de concentration croissante d'apg permettent d'evaluer les regions desordonnees des structures helicoidales. Enfin, l'etude d'un polysaccharide pectique du bois de peuplier en fonction des cycles saisonniers amene a suivre une variation de la composition en oses au cours des saisons. Une etude preliminaire sur un octamere r(gcuacggc) est enfin presentee, etude dont le but est d'elucider les comportements dynamiques des tetraboucles