Etude du processus de formation d'une structure dimerique de l'arn de momulv in vitro : implication d'une sequence autocomplementaire dans la dimerisation des arns retroviraux

Characterization of momulv rna dimer formation in vitro: involvement of an autocomplementary sequence in retroviral dimerization

• Auteur / Autrice : Pierre-Marie Girard
• Direction : Paul Vigny
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1995
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

Une des caracteristiques communes a tous les retrovirus connus est la presence au sein de la particule virale d'un dimere d'arn. Un tel dimere resulte de l'association non covalente de deux molecules d'arn genomiques identiques entre elles. Afin de caracteriser la ou les regions impliquee(s) dans cette interaction (appelees dls), nous avons etudie le processus de dimerisation, in vitro, de courts transcripts correspondant a l'extremite 5' terminale non codante de l'arn du retrovirus de la leucemie murine de moloney (momulv). A partir de l'analyse des cinetiques de dimerisation de ces transcripts en fonction de la temperature et de la concentration en sel, nous avons montre qu'une courte sequence parfaitement autocomplementaire sur 16pb (c#2#8#3uaguuagcuaacuag#2#9#8) est impliquee dans la formation et la stabilite des dimeres d'arn en faible force ionique (i. E nac1 100mm). Une prediction de la structure secondaire de cette region en fonction de la temperature a montre que celle-ci est organisee en tige-boucle dont les deux etats conformationnels (m et m*) different l'un de l'autre par la presence de la sequence autocomplementaire uagcua dans la boucle (m*). Nous suggerons que l'interaction entre deux monomeres m*, in vitro, met en jeu la complementarite de sequence dans la boucle conduisant a la formation d'un dimere instable d#1. Par le biais de changements conformationnels, l'ouverture de chaque tige permet alors l'appariement sur 16pb et la formation d'un dimere stable d#2. Si nous proposons que cette sequence autocomplementaire est un site majeur d'interaction arn-arn en faible force ionique, nous avons egalement montre que d'autres regions dites secondaires participent a la reconnaissance et a la stabilite des dimeres d'arn en augmentant la force ionique (i. E. Nac1 250mm). L'ensemble des resultats nous a permis de proposer un modele de dimerisation des transcripts correspondant a l'extremite 5' terminale non codante de l'arn de momulv. Par ailleurs, des resultats preliminaires obtenus en presence de la proteine virale de nucleocapside de momulv (ncp10) confirment les observations decrites precedemment a savoir que si l'ensemble de la structure est impliquee dans la reconnaissance arn-arn, la sequence autocomplementaire c#2#8#3 a g#2#9#8 contribue majoritairement a la stabilite des dimeres formes. De plus, ces resultats sous-entendent que la ncp10 couvre environ 6 a 7 nucleotides