Recherche Avancée

Thèse soutenue

Évolution de la famille multigénique des ARN ribosomiques chez les entérobactéries : implication en termes de phylogénie et de taxonomie

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Auteur / Autrice : Valérie Cilia
Direction : Richard Christen
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Sciences de la vie
Date : Soutenance en 1995
Etablissement(s) : Nice
Partenaire(s) de recherche : Autre partenaire : Université de Nice-Sophia Antipolis. Faculté des sciences
Jury : Président / Présidente : Philippe Clertant
Rapporteurs / Rapporteuses : B. Michot, Christiane Rayssiguier

Résumé

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Les gènes présents en plusieurs copies dans un génome forment une famille multigénique. L'évolution concertée de ces gènes permet la transmission d'une mutation fixée dans un membre de la famille des autres copies ou son élimination par des processus d'homogénéisation. Nous avons étudié la famille multigénique des gènes des ARNr chez Escherichia coli PK3 et Salmonella typhimurium SL4213. Les différents gènes des ARNr sont organisés en opérons et séparés les uns des autres par des régions intergéniques qui peuvent posséder des gènes des ARN de transfert. Ces gènes sont cotranscrits en un ARN précurseur possédant une structure secondaire particulière. Les séquences des gènes des ARNr 16S, 23S et de la région intergénique des opérons rrn révèlent un polymorphisme à l'intérieur d'un organisme. Ce polymorphisme a révélé l'importance des techniques d'obtention des séquences lors d'analyses phylogéniques entre espèces proches. Les différences de séquences entre les différents opérons peuvent être ignorées si les séquences sont obtenues après clonage ou par séquençage direct de produits amplifiés. Ces différences de séquences s'avèrent importantes lors des analyses de taxonomie moléculaire. L'étude de la structure secondaire des différents opérons rrn montre que l'apparition des mutations dépend des contraintes exercées par la structure secondaire et permet d'étudier les relations existant entre la fréquence de mutation et la pression de sélection. Enfin, l'analyse comparative de ces différentes séquences nous a permis de mettre en évidence des phénomènes d'homogénéisation se produisant sur certains domaines des opérons rrn. Ces phénomènes peuvent perturber les analyses phylogéniques entre espèces proches en faussant les conditions d'homologie entre les séquences comparées