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des thèses françaises
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Diversité des souches nodulant le pois-chiche (Cicer arietinum L. ) : caractérisation génétique, phénotypique et fonctionnelle et implications taxonomiques
| Auteur / Autrice : | Sarah Nour |
| Direction : | Maria P Fernandez, Jean-Claude Cleyet-Marel |
| Type : | Thèse de doctorat |
| Discipline(s) : | Sciences. Écologie microbienne |
| Date : | Soutenance en 1995 |
| Etablissement(s) : | Lyon 1 |
| Jury : | Président / Présidente : Maria P Fernandez |
| Examinateurs / Examinatrices : Jean-Claude Cleyet-Marel |
Mots clés
Mots clés contrôlés
Résumé
Les souches de pois-chiche presentent une importante diversite fonctionnelle (infectivite, efficience) et physiologique (souches a croissance rapide ou lente). Ce groupe d'infectivite, tres specifique du pois-chiche, est peu connu: rattachement aux genres rhizobium ou bradyrhizobium controverse, pas d'especes caracterisees, pas de caracteres discriminants pour decrire et comparer les souches entre elles. Dans cette etude, 30 souches isolees de pois-chiche (cicer arietinum l. ), dont 16 etaient des souches de collections de diverses origines geographiques, ont ete etudiees. Ces souches ont ete comparees entre elles dans le cadre d'une analyse de diversite de ce groupe, et comparees aux autres souches de reference appartenant aux rhizobiaceae. Nous avons utilise des approches genomiques et phenotypiques ayant des pouvoirs discriminants varies: homologies adn/adn, sequences du gene 16s arnr, polymorphisme des fragments de restriction des genes ribosomiques 16s-igs (espace intergenique), polymorphisme enzymatique (isoenzymes), profils trophiques (auxanogramme), tests phenotypiques et tests d'infectivite/efficience sur differents cultivars de pois-chiche. Une bonne correlation a ete trouvee entre les differentes approches utilisees. Nous avons montre que toutes les souches appartiennent au genre rhizobium, et sont divisees en 2 grands groupes divergents, (a et b). Les souches du groupe b sont homogenes et proches de r. Loti mais bien distinctes de cette espece. Ces souches ont ete classees en une nouvelle espece rhizobium ciceri. Les souches du groupe a sont beaucoup plus heterogenes et representent, au moins, 3 especes genomiques. Une de ces especes genomiques appartient a la branche 16s arnr de r. Loti-r. Ciceri-r. Huakuii. Neanmoins, ce groupe s'est avere suffisamment divergent quelque soit la methode de caracterisation utilisee, pour justifier la creation d'une nouvelle espece, rhizobium mediterraneum. Les etudes sur plantes ont montre qu'il n'y a pas de correlation entre les especes genomiques ou l'origine geographique des souches, et leur capacite a infecter ou a fixer l'azote sur le pois-chiche