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Thèse soutenue

Développements méthodologiques en RMN multidimensionnelle des protéines : application à l'étude de différents cytochromes c

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Auteur / Autrice : Bernhard Brutscher
Direction : Dominique Marion
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Physique
Date : Soutenance en 1995
Etablissement(s) : Université Joseph Fourier (Grenoble ; 1971-2015)

Résumé

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L'attribution des frequences rmn aux differents noyaux constitue la premiere partie d'une etude structurale et dynamique d'une proteine par rmn. La majeure partie des developpements methodologiques presentes dans ce travail contribue a l'optimisation de cette tache souvent laborieuse, dont la strategie generale est maintenant bien etablie. Dans le cas des proteines non enrichies en isotopes stables (#1#5n, #1#3c), ce sont les experiences de la rmn du #1h (tocsy, cosy et noesy) qui permettent d'effectuer l'attribution des resonances. Un nouveau schema d'edition de frequences a bande selective est presente et applique dans les differentes experiences de correlation #1h-#1h. Puis, une nouvelle experience hosqc est proposee pour obtenir des pics de correlation de type cosy en phase. Ensuite, l'apport d'une experience de correlation #1h-#1#3c pour une attribution #1h plus complete et plus fiable est demontre. Pour l'etude de proteines de taille intermediaire (100-150 residus) enrichies en isotopes stables #1#5n et #1#3c, nous avons developpe une serie d'experiences triple-resonance (#1h, #1#5n, #1#3c) a deux dimensions fournissant la meme information que les versions 3d initialement proposees en un temps reduit et/ou avec une meilleure resolution digitale. De plus, un programme d'attribution automatique (alps) a ete concu pour leur interpretation. Cette nouvelle approche permet d'accomplir l'attribution des resonances de la chaine peptidique en quelques semaines. Pour l'etape suivante la determination de contraintes experimentales dans le but d'une modelisation de la structure tridimensionnelle en solution nous avons developpe de nouvelles experiences 3d-mq noesy doublement filtrees par les deplacements chimiques de deux heteronoyaux (#1#3c, #1#5n). Un jeu de distances interprotons permettant le calcul ab initio d'une premiere structure du ferrocytochrome c#2 de rhodobacter capsulatus a pu en etre extrait de maniere semi-automatique