Isolement de séquences répétées du génome d'un champignon endomycorhizogène à arbuscules scutellospora castanea : application à la détection in planta

Cloning repeated sequences from the genome of scutellospora castanea an arbuscular endomycorrhizal fungus ; application to in planta detection

• Auteur / Autrice : Adolphe Zézé
• Direction : Hubert Dulieu
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1995
• Etablissement(s) : Dijon

Mots clés

Mots clés contrôlés

Clonage moléculaire

Mycorhizes

Résumé

Les champignons endomycorhizogènes à arbuscules (glomales) sont des symbiotes obligatoires qui jouent un rôle très important pour le développement et la bioprotection de la plante. Les connaissances génétiques et moléculaires de ces champignons sont encore parcellaires, du fait de l'impossibilité de les cultiver sans la plante-hote. La mise au point d'une technique d'extraction d’ADN de spores de champignons endomycorhizogènes a arbuscules a permis de réaliser un clonage partiel de l’ADN de l'espèce scutellospora castanea. Le criblage de cette banque génomique a permis de mettre en evidence des séquences répétées par hybridation moléculaire. L'hybridation en dot ou en southern de l’ADN de spores des espèces s. Castanea, gigaspora rosea, glomus caledonium et acaulospora laevis avec un échantillon de séquences répétées a permis de mettre en évidence une séquence (sc1), spécifique de s. Castanea et une autre (myclire), présente chez les quatre espèces utilisées. Une caractérisation approfondie a été entreprise montrant que la séquence sc1 est organisée en tandem dans le génome de s. Castanea, et possède des séquences répétées directes ; aucun cadre de lecture ouvert n'a ete trouve. Par ailleurs cette séquence possède plusieurs codons stop et ne code pour aucune proteine. La séquence sc1 pourrait donc être une séquence de structure heterochromatique. La séquence myclire, dispersée dans le génome de s. Castanea, possède des séquences répétées directes et répétées inversées. Par ailleurs des séquences à autonomie de réplication (ars) et des éléments centromeriques (cde) ont été mis en évidence dans cette séquence ; ce qui ferait de cette séquence un élément centromérique a autonomie de réplication. En vue de mettre au point des outils de détection spécifique par la technique pcr, des amorces ont été choisies de la séquence sc1 pour amplifier électivement l’ADN de spores de s. Castanea et l’ADN de racines de poireau infectées par cette espèce. Le choix d'un couple d'amorces de la séquence non spécifique myclire a permis de suivre la variation inter générique de cette séquence après amplification de l’ADN de spores et analyse comparée des produits d'amplification. Cette analyse a permis de montrer que cette séquence est conservée sous forme allélique chez les espèces g. Rosea, g. Caledonium, s. Castanea et s. Pellucida alors qu'elle a subi une modification très importante chez l'espèce a. Laevis