Etude phylogenetique, identification et diversite genetique au sein des genres rickettsia et bartonella

Phylogenetic analysis, identification and genetic diversity in the genera rickettsia and bartonella

• Auteur / Autrice : Véronique Roux
• Direction : Didier Raoult
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1995
• Etablissement(s) : Aix-Marseille 2

Résumé

Nous avons etudie la phylogenie de l'ensemble des rickettsies a partir des sequences des genes codant pour le 16s arnr et des profils obtenus apres electrophorese en champs pulses (ecp) pour le groupe boutonneux (gb). Au sein du gb il a ete possible de definir certains sous groupes majeurs. Il sera sans doute necessaire de creer d'autres groupes qui incluront les rickettsies qui ne semblent appartenir ni au gb ni au groupe typhus (gt) (r. Canada, r. Bellii). Contraitement a ce que laissait presumer certaines etudes, la position phylogenetique de r. Tsutsugamushi, etablie par comparaison des sequences du gene du 16s arnr, est proche de celle des autres representants du genre rickettsia. Cependant, le pourcentage d'homologie de sa sequence arn avec celles des autres rickettsies n'est que de 90%. La taille du genome des rickettsies des gb et gt (definie par ecp) est inferieure a celle de la plupart des autres bacteries (1-1,4 mb excepte pour r. Bellii (1,6 mb)). Le sequencage de la region chromosomique comprise entre les genes codant les 16s et 23s arnr (its1) et l'ecp permettent la differenciation d'isolats d'une meme espece de bartonella. Ces methodes constituent un outil performant en vue de l'etude epidemiologique de ces bacteries. L'organisation de l'its1 est similaire a celle rencontree chez plusieurs autres bacteries, en particulier e. Coli. Cependant, la taille de l'its1 est superieure a celle habituellement retrouvee pour la plupart des autres representants du domaine des bacteria