Recherche Avancée

Thèse soutenue

Dynamique moléculaire d'un complexe antigène-anticorps, à l'état cristallin et en solution, avec traitement explicite des molécules d'eau

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Auteur / Autrice : Fabienne Alary
Direction : Jean Durup
Type : Thèse de doctorat
Discipline(s) : Physico-chimie des biomolécules
Date : Soutenance en 1994
Etablissement(s) : Toulouse 3

Résumé

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L'objet de cette these est une meilleure comprehension de la reconnaissance entre proteines en milieu aqueux. L'introduction comporte deux chapitres. Le premier rappelle les problematiques de l'association entre une immunoglobuline et son antigene. Le second expose les methodologies de la dynamique moleculaire appliquee aux proteines. Le chapitre 3 et le chapitre 4 decrivent les modeles que nous avons developpes pour representer, avec un traitement explicite des molecules d'eau et des contre-ions, le complexe entre le lysozyme et le fragment d'anticorps fab d1. 3 d'une part dans la maille cristallographique et d'autre part isole en solution; les protocoles de thermalisation et d'equilibration mis en uvre sont precises. Le chapitre 5 donne l'essentiel des resultats sur la dynamique de fluctuation de ce complexe proteique, la comparaison entre ses conformations a l'etat cristallin et en solution, et l'analyse de sa structure d'hydratation. Cette derniere partie constitue un article a paraitre qui est inclus dans le chapitre. Celui-ci se termine, par la description detaillee du reseau de liaisons hydrogene, directes ou a travers des molecules d'eau, qui relient les epitopes du lysozyme aux bouches hypervariables du fab, dans les deux modeles etudies. Le chapitre 6 donne, par le complexe en solution, les resultats de l'analyse des coefficients de diffusion et de la constante de relaxation rotationnelle des molecules d'eau, suivant la nature (neutre ou polaire) de l'atome proteique le plus proche et suivant leur distance a celui-ci