Ingenierie et etudes structurales d'arn en solution. Application a trois systemes : le site de fixation de la proteine s8 sur l'arn ribosomique 16s d'escherichia coli. l'arn ribosomique 5s de xenopus laevis et l'arn 3 du virus des nervures jaunes et necrotiques de la betterave

Rna engeniering and structural studies in solution. Application to three different systems: the 16s rna binding site of escherichia coli protein s8, the 5s rna of xenopus laevis and the beet necrotic yellow vein virus rna 3

• Auteur / Autrice : Christine Allmang-Cura
• Direction : Chantal Ehresmann
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées
• Date : Soutenance en 1994
• Etablissement(s) : Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008)

Résumé

Ce memoire porte sur l'ingenierie et l'etude structurale en solution de trois arn: le site de fixation de la proteine ribosomique s8 d'escherichia coli sur l'arn ribosomique 16s, l'arn 5s de xenopus laevis et l'arn 3 du virus des nervures jaunes et necrotiques de la betterave (ou bnyvv). Le site de fixation de la proteine s8 d'escherichia coli sur l'arn ribosomique 16s est centre sur une region helicoidale irreguliere dont la structure est controversee. La construction de mutants tronques et de petits arn synthetises chimiquement nous a permis de definir le site minimum d'arn reconnu par s8. Par l'association de techniques de mutagenese dirigee, d'analyses conformationnelles en solution, de tests de reconnaissance par s8 et de modelisation graphique, nous avons identifie les nucleotides responsables de la specificite de reconnaissance et construit un modele tridimensionnel de ce site par modelisation graphique. L'arn ribosomique 5s de xenopus laevis possede des boucles possedant une structure intrinseque tres organisee. Nous avons synthetise chimiquement deux motifs structuraux en tige-boucle de cet arn et realise leur etude par resonance magnetique nucleaire. Ces petits arn adoptent la meme structure qu'au sein de l'arn 5s entier. Ces etudes ont revele que la structure de ces petits arn est dynamique: ils presentent une flexibilite intrinseque au niveau de la boucle ou etablissent des interactions inter-moleculaires pour former un duplex. Un modele de structure secondaire precis a ete propose pour les 312 nucleotides de la region 5 non codante de l'arn 3 du virus du bnyvv a l'aide de sondes de structures chimiques et enzymatiques et prediction de structures secondaires par ordinateur. Ces resultats confirment l'existence de trois domaines apparies dans l'arn de polarite positive, suggeres par mutagenese dirigee, importants pour sa replication