Analyse du genome du cacao swollen shoot virus et mise au point d'une methode d'infection du cacaoyer

Genomic organization of cacao swollen shoot badnavirus and infection of theobroma cacao with cloned viral dna

• Auteur / Autrice : LYNDA HAGEN
• Direction : M. BOCCARA
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1994
• Etablissement(s) : Paris 6

Résumé

Le virus du gonflement des tiges du cacaoyer (cssv) appartient au groupe des badnavirus. Une copie complete du genome a ete clonee et sequencee. L'adn excise est infectieux lorsqu'il est inocule par bombardement a des feves de theobroma cacao. Les plantes infectees developpent les symptomes typiques de la maladie. La descendance virale est detectee par elisa et hybridation moleculaire. Les particules ont de tailles variables. La diversite des symptomes de swollen shoot, et l'heterogeneite de taille des particules, resultent donc de l'infection par une population et non d'infections mixtes. La sequence des deux brins d'adn a ete deduite de celles de 75 sous-clones chevauchants. D'une taille de 7 161 bp, le genome comporte une region intergenique et 5 cadres de lecture (orfs) potentiels localises sur le brin (+). L'orf1 (17kda) et l'orf2 (14kda) codent pour des proteines de fonction inconnue. Le grand orf3 (211kda) code pour une polyproteine se divisant en 3 regions. La region 1 code pour une proteine de mouvement, la region 2 code pour la proteine capside. La region 3 presente les sequences consensus de proteinase aspartique, reverse transcriptase (rt), rnase h (rnh). Les derniers orfs (13kda et 14kda) chevauchent l'orf3 et ne sont presents que chez le cssv. Des etudes de phyllogenie moleculaire montrent que le cssv, le commelina yellow mottle virus et le sugarcane bacilliform virus forment un groupe distinct du rice tungro bacilliform virus. L'arn transcrit de taille superieure a celle du genome, predit par le modele de replication, est present dans les plantes infectees. Le site de polyadenylation correspond a un residu adenine localise 17 a 18 nt en aval d'une sequence aataaa de la region intergenique. 3 repetitions du motif agagtttgta situes en amont, correspondraient a des elements regulant la polyadenylation. Les travaux pour la determination de l'extremite 5' sont presentes