Modelisation moleculaire : generation de conformations proteiques par deformation de la chaine peptidique et prediction des chaines laterales

Molecular design: protein conformation generation by main chain deformation and prediction of side chain conformations

• Auteur / Autrice : Pierre Tuffery
• Direction : Serge Hazout
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1991
• Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

Notre travail se situe dans le cadre de la modelisation des structures proteiques, et adresse le probleme de la generation de conformations. Notre objectif est la conception de methodologies permettant la generation de conformations approchees, destinees a un affinement ulterieur sur la base d'un critere energetique. La complexite des structures proteiques nous a conduit a scinder ce travail en deux parties complementaires qui adressent respectivement les conformations de la chaine peptidique et des chaines laterales. Dans une premiere partie, nous decrivons une methodologie qui permet d'aborder le probleme de la deformation geometrique de la chaine peptidique. Elle est la base d'un logiciel graphique interactif (forme), dedie a la modelisation par homologie. La deuxieme partie est consacree a la prediction des conformations des chaines laterales. Sur la base d'un catalogue de conformations discretes des chaines laterales (rotameres), nous avons developpe des methodes qui permettent de predire le jeu de conformations optimales devant etre attribue a l'ensemble des chaines laterales d'une proteine dont seule la structure de la chaine principale est connue. La precision des conformations obtenues est de l'ordre de 1,8 angstrom (rms global) sur l'ensemble des residus. Une application combinee de ces methodes a la conception d'un modele de la forme active de l'alpha1-antitrypsine est ensuite decrite