Modelisation theorique de la structure fine et de la flexibilite de l'adn en fonction de la sequence

Theoretical modelling of the sequence dependent dna fine structure and flexibility

• Auteur / Autrice : MARC PONCIN
• Direction : Richard Lavery
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie
• Date : Soutenance en 1991
• Etablissement(s) : Paris 7

Résumé

Ayant a notre disposition un algorithme, jumna, specifiquement adapte a l'etude des acides nucleiques par optimisation d'energie en coordonnees helicoidales, nous avons aborde la premiere partie de ce travail par une etude approfondie de la structure stable et de la flexibilite d'un ensemble de six oligomeres de sequences regulieres contenant les dix dinucleotides uniques. Nous avons etudie deux allomorphes de l'adn, l'adn-b et l'adn-a. Dans le cas de l'adn-b, a l'exception des sequences homopolymeriques, nous avons caracterise des sous-etats conformationnels en termes de plissement des sucres. Ils se distinguent en trois familles representees par les symboles: s (c2-endo, phase elevee et amplitude faible), x (c2-endo, phase faible et amplitude elevee) et e (01-endo). Les conformations s et x sont associees aux bases puriques et pyrimidiques, la conformation e est associee aux bases pyrimidiques. La situation pour les memes oligomeres en forme a differe nettement de celle de l'adn-b. Nous n'avons pu mettre en evidence qu'une seule conformation optimale pour chaque sequence. La deuxieme partie de ce travail concerne la deformation de la double helice par sur enroulement/sous-enroulement ou par etirement/compression. Les resultats obtenus indiquent que les allomorphes a et b ont des flexibilites similaires sous ces types de deformation. La deformation de l'adn-a depend peu de la sequence bien que les conformations stables en dependent nettement. Celle de l'adn-b depend de la sequence et depend peu des sous-etats conformationnels decrits ci-dessus