Détermination par RMN de la structure de protéines en solution : Stratégie et application a deux toxines de cobra et de scorpion

Determination of protein solution structures by NMR: strategy and application to a cobra toxin and a scorpion toxin

• Auteur / Autrice : afaf Mikou
• Direction : Eric Guittet
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Sciences médicales
• Date : Soutenance en 1990
• Etablissement(s) : Paris 11

Résumé

Dans le cadre de l'étude de la relation structure-activité, ce travail se propose d'établir une stratégie de détermination, par résonance magnétique nucléaire (RMN), de structure de protéines en solution. Pour ce faire, toutes les étapes de l'étude conformationnelle d'une protéine sont décrites depuis l'échantillon dans un tube RMN jusqu'a la structure tertiaire en solution. Dans cette démarche générale, l'attribution des résonances aux divers protons est une étape clé. Une stratégie originale d'attribution est décrite: elle se compose d'une variante de la méthode des signatures (main chain directed) qui permet d'identifier rapidement les structures secondaires complétées par l'attribution séquentielle classique. La méthode a été appliquée a l'attribution complete de deux toxines: l'alpha cobratoxine (71 acides amines) extraite du venin du naja naja siamensis et la toxine III (64 acides amines) du scorpion androctonus australis hector. L'analyse détaillée et précise des cartes noesy a conduit a un grand nombre de contraintes de distances interprotoniques. Ces contraintes structurales ont été incorporées dans des calculs de conversion distance-géométrie (vembed) et de dynamique moléculaire (amber). Pour chacune des deux toxines, une structure préliminaire est obtenue et est actuellement en cours de raffinement