Jean-Philippe Vert
Jean-Philippe Vert a rédigé la thèse suivante :
Méthodes statistiques pour la modélisation du langage naturel
par Jean-Philippe Vert sous la direction de Olivier Catoni - Paris 6
Mathématiques
Soutenue en 2001
Jean-Philippe Vert dirige actuellement les 2 thèses suivantes :
Représentations pour l'apprentissage statistique à grande échelle en génomique
par Romain Menegaux sous la direction de Jean-Philippe Vert - Université Paris sciences et lettres
Bio-informatique
En préparation depuis le 01-10-2017
Soutenance prévue le 07-05-2021
Modèles de graphe aléatoire à structure cachée pour l'analyse des réseaux
par Pierre Latouche sous la direction de Christophe Ambroise et de Jean-Philippe Vert . - Evry-Val d'Essonne
Mathématiques appliquées
Soutenue le 03-12-2010
Jean-Philippe Vert a dirigé les 21 thèses suivantes :
Unsupervised representation learning for single-cell transcriptomic and epigenomic data
par Felix Raimundo sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Céline Vallot . - Université Paris sciences et lettres
Bio-informatique
Soutenue le 07-12-2022
Geometric deep learning for structural bioinformatics
par Vincent Mallet sous la direction de Michaël Nilges et de Jean-Philippe Vert . - Université Paris Cité
Génétique, omiques, bioinformatique et biologie des systèmes
Soutenue le 16-11-2022
Statistical methods for deciphering intra-tumor hereterogeneity : challenges and opportunities for cancer clinical management
par Judith Abecassis sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Fabien Reyal . - Université Paris sciences et lettres
Bio-informatique
Soutenue le 09-03-2020
Du phénotypage cellulaire à la classification de lames digitales : Une application au traitement du cancer du sein triple-négatif
par Peter Naylor sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Thomas Walter . - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 18-12-2019
Input noise injection for supervised machine learning, with applications on genomic and image data
par Beyrem Khalfaoui sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 26-09-2019
Développement de représentations et d'algorithmes efficaces pour l'apprentissage statistique sur des données génomiques
par Marine Le Morvan sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Andrei Zinovyev . - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 03-07-2018
Pronostic moléculaire basé sur l'ordre des gènes et découverte de biomarqueurs guidé par des réseaux pour le cancer du sein
par Yunlong Jiao sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 11-09-2017
Etude de l'épissage grâce à des techniques de régression parcimonieuse dans l'ère du séquençage haut débit de l'ARN
par Elsa Bernard sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 21-09-2016
Développement de méthodes pour les données de cribles temporels à haut contenu et haut débit : versatilité et analyses comparatives
par Alice Schoenauer Sebag sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Robert Barouki . - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue le 04-12-2015
Inférence de la structure tri-dimensionnelle du génome
par Nelle Varoquaux sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue le 03-12-2015
Apprentissage et forêts aléatoires
par Erwan Scornet sous la direction de Gérard Biau et de Jean-Philippe Vert . - Paris 6
Statistiques Mathématiques
Soutenue le 30-11-2015
Apprentissage de données génomiques multiples pour le diagnostic et le pronostic du cancer
par Matahi Moarii sous la direction de Jean-Philippe Vert et de Fabien Reyal . - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue le 26-06-2015
Méthodes d’apprentissage structuré pour la microbiologie : spectrométrie de masse et séquençage haut-débit.
par Kevin Vervier sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue le 25-06-2015
Sélection de variables à partir de données d'expression : signatures moléculaires pour le pronostic du cancer du sein et inférence de réseaux de régulation génique
par Anne-Claire Haury sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue le 14-12-2012
Méthodes à noyau pour l'annotation automatique et la prédiction d'interaction de structures de protéine
par Martial Hue sous la direction de Emmanuel Barillot et de Jean-Philippe Vert . - Paris 7
Analyse de génomes et modélisation moléculaire
Soutenue en 2011
Graph matching and its application in computer vision and bioinformatics
par Mikhail Zaslavskiy sous la direction de Francis Bach et de Jean-Philippe Vert . - Paris, ENMP
Bioinformatique
Soutenue en 2010
Learning from positive and unlabeled examples in biology
par Fantine Mordelet sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue en 2010
A priori structurés pour l'apprentissage supervisé en biologie computationnelle
par Laurent Jacob sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Bio-informatique
Soutenue en 2009
Introduction de la connaissance à priori dans l'étude des puces à l'ADN
par Franck Rapaport sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris 6
Biochimie et biologie moléculaire
Soutenue en 2008
Fonctions noyaux pour molécules et leur application au criblage virtuel par machines à vecteurs de support
par Pierre Mahe sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Géostatistique
Soutenue en 2006
Etude de noyaux de semigroupe sur objets structurés dans le cadre de l’apprentissage statistique
par Marco Cuturi sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris, ENMP
Géostatistique
Soutenue en 2005
Jean-Philippe Vert a été président de jury des 9 thèses suivantes :
Apprentissage par noyaux reproduisants : descente de gradient stochastique et estimation de laplacien
par Loucas Pillaud-Vivien sous la direction de Francis Bach et de Alessandro Rudi . - Université Paris sciences et lettres
Mathématiques
Soutenue le 30-10-2020
Graph Degeneracy Studies for Advanced Learning Methods on Graphs and Theoretical Results
par Stratis Limnios sous la direction de Michalis Vazirgiannis et de Dimitrios M. Thilikos . - Institut polytechnique de Paris
Informatique, données, IA
Soutenue le 31-08-2020
Relaxations of the seriation problem and applications to de novo genome assembly
par Antoine Recanati sous la direction de Alexandre d' Aspremont - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Informatique
Soutenue le 29-11-2018
Asynchronous optimization for machine learning
par Rémi Leblond sous la direction de Francis Bach et de Simon Lacoste-Julien . - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Mathématiques
Soutenue le 15-11-2018
Learning from ranking data : theory and methods
par Anna Korba sous la direction de Stephan Clémençon - Université Paris-Saclay (ComUE)
Mathématiques appliquées
Soutenue le 25-10-2018
Network and machine learning approaches to dengue omics data
par Iryna Nikolayeva sous la direction de Benno Schwikowski et de Anavaj Sakuntabhai . - Sorbonne Paris Cité
Interdisciplinaire
Soutenue le 02-10-2017
Approches statistiques en segmentation : application à la ré-annotation de génome
par Alice Cleynen sous la direction de Sandrine Dudoit et de Stéphane Robin . - Paris 11
Mathématiques (statistiques)
Soutenue le 15-11-2013
Développement d'une méthodologie robuste de sélection de gènes dans le cadre d'une activation pharmacologique de la voie PPAR
par Aurélie Cotillard sous la direction de Christian Saguez - Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris
Mathématiques appliquées
Soutenue le 03-12-2009
Parcimonie dans les modèles Markoviens et application à l'analyse des séquences biologiques
par Pierre Yves Vincent Bourguignon sous la direction de Bernard Prum - Evry-Val d'Essonne
Mathématiques appliquées
Soutenue le 15-12-2008
Jean-Philippe Vert a été rapporteur des 21 thèses suivantes :
Interprétation de l'apprentissage profond pour la prédiction de phénotypes à partir de données d'expression de gènes
par Victoria Bourgeais sous la direction de Blaise Hanczar et de Farida Zehraoui . - université Paris-Saclay
Informatique
Soutenue le 14-10-2022
Reconstructing our past ˸ deep learning for population genetics
par Théophile Sanchez sous la direction de Marc Schoenauer , Guillaume Charpiat et de Flora Jay . - université Paris-Saclay
Informatique
Soutenue le 18-03-2022
End-to-End Deep Learning and Subgroup discovery approaches to learn from metagenomics data
par Maxence Queyrel sous la direction de Jean-Daniel Zucker , Karine Clément et de Edi Prifti . - Sorbonne université
Intelligence artificielle
Soutenue le 13-10-2021
Classifieur minimax discret pour l’aide au diagnostic médical dans la médecine personnalisée
par Cyprien Gilet sous la direction de Lionel Fillatre et de Nicolas Glaichenhaus . - Université Côte d'Azur
Automatique et Traitement du Signal et des Images
Soutenue le 09-09-2021
Machine learning for large observational datasets in healthcare
par Maryan Morel sous la direction de Stéphane Gaïffas et de Emmanuel Bacry . - Institut polytechnique de Paris
Mathématiques appliquées
Soutenue le 06-05-2021
Forêts aléatoires pour données longitudinales de grande dimension
par Louis Capitaine sous la direction de Rodolphe Thiebaut et de Robin Genuer . - Bordeaux
Santé publique Biostatistique
Soutenue le 17-12-2020
Deep kernel representation learning for complex data and reliability issues
par Pierre Laforgue sous la direction de Florence d' Alché-Buc et de Stephan Clémençon . - Institut polytechnique de Paris
Mathématiques et informatique
Soutenue le 26-06-2020
Méthodes des matrices aléatoires pour l’apprentissage en grandes dimensions
par Xiaoyi Mai sous la direction de Romain Couillet et de Walid Hachem . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Mathématiques et Informatique
Soutenue le 16-10-2019
Introduction of high-dimensional interpretable machine learning models and their applications
par Simon Bussy sous la direction de Agathe Guilloux et de Anne-Sophie Jannot . - Sorbonne université
Statistique
Soutenue le 16-01-2019
Quelques contributions à l'optimisation globale
par Cédric Malherbe sous la direction de Nicolas Vayatis - Université Paris-Saclay (ComUE)
Mathématiques appliquées
Soutenue le 24-11-2017
On Metric and Statistical Properties of Topological Descriptors for geometric Data
par Mathieu Carriere sous la direction de Steve Oudot - Université Paris-Saclay (ComUE)
Informatique
Soutenue le 21-11-2017
Network and machine learning approaches to dengue omics data
par Iryna Nikolayeva sous la direction de Benno Schwikowski et de Anavaj Sakuntabhai . - Sorbonne Paris Cité
Interdisciplinaire
Soutenue le 02-10-2017
Reconstruction et classification par optimisation dans des graphes avec à priori pour les réseaux de gènes et les images
par Aurélie Pirayre sous la direction de Jean-Christophe Pesquet - Paris Est
Signal, Image, Automatique
Soutenue le 03-07-2017
Tests d’hypothèses statistiquement et algorithmiquement efficaces de similarité et de dépendance
par Wacha Bounliphone sous la direction de Arthur Tenenhaus et de Matthew B. Blaschko . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Mathématiques et informatique
Soutenue le 30-01-2017
Analyse intégrative de données génomiques et pharmacologiques pour une meilleure prédiction de la réponse aux médicaments anti-cancer
par Yu Fu sous la direction de Fabrice André et de Céline Lefebvre . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 19-12-2016
Development of statistical methods for DNA copy number analysis in cancerology
par Morgane Pierre-Jean sous la direction de Catherine Matias et de Pierre Neuvial . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 02-12-2016
Apprentissage avec la parcimonie et sur des données incertaines par la programmation DC et DCA
par Xuan Thanh Vo sous la direction de Hoai An Lê Thi - Université de Lorraine
Informatique
Soutenue le 15-10-2015
Kernel methods for flight data monitoring
par Nicolas Chrysanthos sous la direction de Hichem Snoussi et de Pierre Beauseroy . - Troyes
Optimisation et Sûreté des Systèmes
Soutenue le 24-10-2014
Inférence de réseaux d'interaction protéine-protéine par apprentissage statistique
par Céline Brouard sous la direction de Florence d' Alché-Buc et de Aleksander Edelman . - Evry-Val d'Essonne
Bioinformatique
Soutenue le 14-02-2013
Regularization methods for prediction in dynamic graphs and e-marketing applications
par Émile Richard sous la direction de Nicolas Vayatis - Cachan, Ecole normale supérieure
Mathématiques
Soutenue le 21-11-2012
Contributions à l’apprentissage automatique pour l’analyse d’images cérébrales anatomiques
par Rémi Cuingnet sous la direction de Olivier Colliot et de Habib Benali . - Paris 11
Physique
Soutenue le 29-03-2011
Jean-Philippe Vert a été membre de jury des 12 thèses suivantes :
From sequences to knowledge, improving and learning from sequence alignments
par Luc Blassel sous la direction de Rayan Chikhi - Sorbonne université
Génétique et génomique
Soutenue le 02-12-2022
Modèles multi-couches et méthodes d’exploration de réseaux biologiques
par Anthony Baptista sous la direction de Anaïs Baudot et de Aitor Gonzalez . - Aix-Marseille
Biologie santé. Génomique et bioinformatique
Soutenue le 13-10-2022
Integrative characterization of oncogenesis and immune response in sarcoma
par Julien Vibert sous la direction de Olivier Delattre et de Joshua Waterfall . - Université Paris sciences et lettres
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 23-11-2021
Méthodes à noyaux pour les réseaux convolutionnels profonds
par Alberto Bietti sous la direction de Julien Mairal - Université Grenoble Alpes (ComUE)
Mathématiques appliquées
Soutenue le 27-11-2019
Modélisation et analyse de modèles de polymères aléatoirement réticulé et application à l’organisation et à la dynamique de la chromatine
par Ofir Shukron sous la direction de David Holcman - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Mathématiques
Soutenue le 16-11-2017
Change-point detection and kernel methods
par Damien Garreau sous la direction de Sylvain Arlot et de Gérard Biau . - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Mathématiques
Soutenue le 12-10-2017
Extraction d’Information pour les réseaux de régulation de la graine chez Arabidopsis Thaliana.
par Dialekti Valsamou sous la direction de Pierre Zweigenbaum et de Claire Nédellec . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Informatique
Soutenue le 17-01-2017
Apprentissage automatique et extrêmes pour la détection d'anomalies
par Nicolas Goix sous la direction de Stephan Clémençon et de Anne Sabourin . - Paris, ENST
Signal et images
Soutenue le 28-11-2016
Méthodes statistiques pour la mise en correspondance de descripteurs
par Olivier Collier sous la direction de Arnak S. Dalalyan - Paris Est
Mathématiques
Soutenue le 02-10-2013
Learning algorithms and statistical software, with applications to bioinformatics
par Toby Dylan Hocking sous la direction de Francis Bach - Cachan, Ecole normale supérieure
Mathématiques appliquées
Soutenue le 20-11-2012
Méthodes multivariées pour l'analyse jointe de données de neuroimagerie et de génétique
par Edith Le floch (Le Floch) sous la direction de Vincent Frouin et de Monica Zilbovicius . - Paris 11
Traitement du signal
Soutenue le 28-09-2012
Sparse coding for machine learning, image processing and computer vision
par Julien Mairal sous la direction de Francis Bach et de Jean Ponce . - Cachan, Ecole normale supérieure
Mathématiques appliquées
Soutenue le 30-11-2010
