ADN viral  ARN  Acides aminés non naturels  Affinité chimique  Affinité proteine-ligand  Algorithmes  Algorithmique  Alpha-Hémolysine  Amarrage moléculaire  Amarrage moléculaires  Analyse de décomposition d'énergie  Autisme  Biochimie physique  Bioinformatique  Bioinformatique structurale  Biomolécules  Biométrie  Calcul d'énergie libre  Champ de force polarisable  Champs de force  Champs de forces polarisables  Chimie physique et théorique  Code génétique  Conception de peptides  Conception de protéine par ordinateur  Conception par fragments  Dessin de protéine  Dynamique moléculaire  Modélisation moléculaire  Mécanique moléculaire  Protéines -- Conformation  Protéines  Reconnaissance moléculaire  Simulation de docking moléculaire  Simulation par ordinateur  Séquence des acides aminés  

Thomas Simonson a rédigé les 2 thèses suivantes :

Electrostatique et dynamique des proteines

par Thomas Simonson sous la direction de Gérard Bricogne - Paris 11

Sciences biologiques et fondamentales appliquées. Psychologie

Soutenue en 1990

Analyse structurale de l'onde de polarisation d'un isolant incommensurable : la thiourée : application à la phase longue période "1/9"

par Thomas Simonson sous la direction de Françoise Dénoyer - Paris 11

Physique

Soutenue en 1985

Thomas Simonson dirige actuellement les 2 thèses suivantes :

Une étude de perturbateurs endocriniens sélectionnés et leur liaison aux molécules hôtes avec modélisation moléculaire.

par Anna Mazurek sous la direction de Thomas Simonson et de Łukasz Szeleszczuk . - Institut polytechnique de Paris

Biologie

En préparation depuis le 10-09-2020

Etude de la structure et fonction du ribosome par des méthodes computationnelles

par Paula Mihaljevic-juric sous la direction de Thomas Simonson - Institut polytechnique de Paris

Biologie et Chimie

En préparation depuis le 01-10-2018

Thomas Simonson a dirigé les 8 thèses suivantes :

Computational design of proteins and enzymes

par Vaitea Opuu sous la direction de Thomas Simonson - Institut polytechnique de Paris

Biologie et Chimie

Soutenue le 29-10-2020

Computer simulations to engineer PDZ-peptide recognition

par Francesco Villa sous la direction de Thomas Simonson - Université Paris-Saclay (ComUE)

Biologie

Soutenue le 23-10-2018

Computational protein design : un outil pour l'ingénierie des protéines et la biologie synthétique

par David Mignon sous la direction de Thomas Simonson - Université Paris-Saclay (ComUE)

Biologie

Soutenue le 20-12-2017

Étude computationnelle du domaine PDZ de Tiam1

par Nicolas Panel sous la direction de Thomas Simonson - Université Paris-Saclay (ComUE)

Biologie

Soutenue le 07-11-2017

Défis algorithmiques pour les simulations biomoléculaires et la conception de protéines

par Karen Druart sous la direction de Thomas Simonson et de Edouard Audit . - Université Paris-Saclay (ComUE)

Biologie

Soutenue le 05-12-2016

Design computationnel de protéines pour la prédiction de structure

par Audrey Sedano sous la direction de Thomas Simonson - Palaiseau, Ecole polytechnique

Bioinformatique

Soutenue en 2013

Modélisation de l'évolution dirigée de la tyrosyl-ARNt synthétase in silico : Introduction d'acides aminés non naturels dans les protéines

par Najette Amara sous la direction de Thomas Simonson - Palaiseau, Ecole polytechnique

Biologie

Soutenue en 2011

Evolution dirigée de deux aminoacyl-ARNt synthétases : Mise en place et applications d'une méthode de 'protein design'

par Anne Lopes sous la direction de Thomas Simonson - Palaiseau, Ecole polytechnique

Biologie

Soutenue en 2008

Thomas Simonson a été président de jury de la thèse suivante :

Expériences et modélisation par dynamique moléculaire gros-grain du transport de l'ADN à travers l'alpha-hémolysine.

par Delphine Dessaux sous la direction de Jérôme Mathé , Nathalie Basdevant et de Rosa Ramirez . - université Paris-Saclay

Physique

Soutenue le 09-07-2020

Thomas Simonson a été rapporteur des 7 thèses suivantes :

Etudes structurales des mécanismes d'inhibition, d'oligomérisation et de liaison à l'ADN du régulateur de transcription Fur : des simulations in silico aux tests biologiques in vitro

par Serge Nader sous la direction de Serge Crouzy - Université Grenoble Alpes (ComUE)

Biologie structurale et nanobiologie

Soutenue le 23-11-2018

Development of a polarizable ab initio force field : From separability of intermolecular interactions to condensed phase properties

par Sehr Naseem-Khan sous la direction de Jean-Philip Piquemal et de Julia Contreras-Garcia . - Sorbonne université

Chimie théorique

Soutenue le 20-09-2018

Computational approaches to molecular recognition : from host-guest to protein-ligand binding

par Joel José Montalvo Acosta sous la direction de Marco Cecchini - Strasbourg

Chimie informatique et théorique

Soutenue le 04-09-2018

Solvatation de systèmes d'intérêt pharmaceutique : apports de la théorie de la fonctionnelle de la densité moléculaire

par Cédric Gageat sous la direction de Daniel Borgis et de Maximilien Levesque . - Paris Sciences et Lettres (ComUE)

Chimie physique

Soutenue le 24-11-2017

Structure-function studies of membrane proteins by site-specific incorporation of unnatural amino acids

par Meilin Tian sous la direction de Pierre Paoletti et de Chonggang Yuan . - Paris 6

Sciences de la vie

Soutenue le 20-06-2017

Reconnaissance moléculaire : De l’in silico à l’in vitro et vice versa

par Simon Huet sous la direction de Yves-Henri Sanejouand et de Mathieu Cinier . - Nantes

Biologie-Santé, biomolécules, pharmacologie, thérapeutique

Soutenue en 2015

Optimisation de potentiels statistiques pour un modèle d'évolution soumis à des contraintes structurales

par Cécile Bonnard sous la direction de Olivier Gascuel - Montpellier 2

Informatique

Soutenue le 05-01-2010

Thomas Simonson a été membre de jury des 3 thèses suivantes :

Conception in silico d'inhibiteurs peptidiques d'interactions protéine-protéine

par Maxence Delaunay sous la direction de Tâp Ha-Duong - université Paris-Saclay

Chimie thérapeutique

Soutenue le 15-12-2022

Etude fonctionnelle et structurale de variants rares des contactines et vulnérabilité à l’autisme

par Oriane Mercati sous la direction de Isabelle Cloëz-Tayarani - Paris 5

Neurosciences

Soutenue le 25-10-2013

Prediction de structures secondaires d'ARN avec pseudo-noeuds

par Michael Bon sous la direction de Henri Orland - Palaiseau, Ecole polytechnique

Physique théorique

Soutenue en 2009