Pascal Bonnet
Pascal Bonnet a rédigé la thèse suivante :
Etude par modélisation moléculaire de dimères de cyclodextrines et de leurs complexes d'inclusion
par Pascal Bonnet sous la direction de Luc Morin-Allory - Orléans
Chimie et physicochimie des composés d'intérêt biologique
Soutenue en 2001
Pascal Bonnet dirige actuellement les 3 thèses suivantes :
Prédiction de l'affinité de liaison des complexes protéine-ligand en combinant des simulations de dynamiques moléculaires avec des algorithmes d'apprentissage profond.
par Pierre-yves Libouban sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie
En préparation depuis le 01-10-2019
Développement dune approche protéo-chimiométrique tridimensionnelle pour lidentification dinhibiteurs de protéines kinases
par Fabrice Carles sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie
Soutenue le 07-02-2019
Conception, synthèse et évaluation biologique de nouveaux inhibiteurs fluorescents et non fluorescents de la protéine kinase BRAF
par Otmane Bourzikat sous la direction de Franck Suzenet et de Pascal Bonnet . - Orléans
Chimie
Soutenue le 01-03-2023
Pascal Bonnet a dirigé les 7 thèses suivantes :
Conception d'inhibiteurs de protéines kinases à partir de méthodes in silico basées sur les fragments
par Gautier Peyrat sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie. Chémoinformatique
Soutenue le 26-11-2021
Conception d'un logiciel pour la recherche de nouvelles molécules bioactives
par Colin Bournez sous la direction de Pascal Bonnet et de Philippe Bernard . - Orléans
Chimie / Chémoinformatique
Soutenue le 04-12-2019
Prédiction des constantes cinétiques de complexes protéine-ligand
par Sonia Ziada sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie / Modélisation moléculaire
Soutenue le 23-01-2019
Développement d'une plateforme de prédiction in silico des propriétés ADME-Tox
par Baptiste Canault sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie et chémoinformatique
Soutenue le 01-10-2018
Prédiction de la cinétique des inhibiteurs de protéines kinases et de leur affinité par docking flexible
par Abdennour Braka sous la direction de Pascal Bonnet et de Norbert Garnier . - Orléans
Chimie / Modélisation moléculaire
Soutenue le 28-03-2018
Développement d'outils de chémoinformatique pour l'identification d'inhibiteurs de protéines kinases à partir de fragments
par José-Manuel Gally sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie. Chémoinformatique
Soutenue le 19-12-2017
Développement de nouvelles approches protéo-chimiométriques appliquées à l'étude des interactions et de la sélectivité des inhibiteurs de kinases
par Nicolas Bosc sous la direction de Pascal Bonnet - Orléans
Chimie. Bioinformatique structurale et chémoinformatique
Soutenue le 20-11-2015
Pascal Bonnet a été président de jury des 4 thèses suivantes :
Ligands Photo-Actifs pour l'imagerie de fluorescence du VEGFr
par Margot Boujut sous la direction de Xavier Franck - Normandie
Chimie
Soutenue le 06-11-2020
Modeling and visualization of complex chemical data using local descriptors
par Marta Glavatskikh sous la direction de Alexandre Varnek et de Timur Madzhidov . - Strasbourg
Chimie
Soutenue le 09-07-2018
Etude des ADN glycosylases de la superfamille structurale Fpg/Nei par modélisation moléculaire, de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles dans les stratégies anti-cancer
par Charlotte Rieux sous la direction de Norbert Garnier - Orléans
Biologie structurale et fonctionnelle
Soutenue le 20-12-2017
Rationalisation des procédures de séparation des composés chiraux à visée pharmaceutique et cosmétique
par Syame Khater sous la direction de Caroline West - Orléans
Chimie analytique
Soutenue le 21-11-2014
Pascal Bonnet a été rapporteur des 8 thèses suivantes :
Design and application of deep learning methods to structure-based drug design
par Mikhail Volkov sous la direction de Didier Rognan - Strasbourg
Chimie informatique et théorique
Soutenue le 05-06-2023
Développement de nouveaux agents anticancéreux inhibiteurs de la syntenin
par Manon Garcia sous la direction de Karine Barral - Aix-Marseille
Sciences Chimiques
Soutenue le 12-03-2021
Etude de la structure et la dynamique de Mcl-1 : application en cancérologie
par Mohammed Benabderrahmane sous la direction de Jana de Oliveira Santos et de Ronan Bureau . - Normandie
Chimie
Soutenue le 11-12-2020
Développement de méthodologies innovantes pour la caractérisation d’interfaces protéine-protéine et la conception d’inhibiteurs spécifiques : exploration de l’interface protéique de RhoA /ArhGEF1
par Ennys Gheyouche sous la direction de Bernard Offmann , Stéphane Téletchéa et de Gervaise Loirand . - Nantes
Biologie Moléculaire et structurale, Biochimie
Soutenue le 29-01-2020
Modélisation des interactions protéines–effecteurs et développement de méthodes de prédiction de ces interactions
par Natacha Cerisier sous la direction de Anne-Claude Camproux - Université Paris Cité
Recherche clinique, innovation technologique, santé publique. Bioinformatique
Soutenue le 04-11-2019
Détection, caractérisation et comparaison des interactions protéine - ligand
par Nicolas Shinada sous la direction de Alexandre de Brevern - Sorbonne Paris Cité
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie. Biothérapie
Soutenue le 28-01-2019
Modeling and visualization of complex chemical data using local descriptors
par Marta Glavatskikh sous la direction de Alexandre Varnek et de Timur Madzhidov . - Strasbourg
Chimie
Soutenue le 09-07-2018
Apport de la modélisation et des simulations de dynamique moléculaire à la description de STAT5 comme cible pour moduler la signalisation oncogénique
par Florent Langenfeld sous la direction de Luba Tchertanov et de Michel Arock . - Paris 11
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 05-06-2015
Pascal Bonnet a été membre de jury des 5 thèses suivantes :
Développement et comparaison d’approches QSPR-inverse
par Philippe Gantzer sous la direction de Carlos Nieto-Draghi et de Benoît Creton . - Sorbonne université
Physico-chimie
Soutenue le 04-11-2021
Stratégies innovantes pour une valorisation d’extraits de plantes en cosmétique : Mise en oeuvre d’un outil de profilage métabolique et recherche de nouvelles activités biologiques
par Glorianne Jouravel sous la direction de Claire Elfakir - Orléans
Chimie Analytique - Phytochimie
Soutenue le 11-06-2018
Synthèse et réactivité de bicycles imidazo[1,2-a]imidazoles et imidazo[1,5- a]imidazoles à visée thérapeutique
par Mohammed Loubidi sous la direction de Gérald Guillaumet - Orléans
Chimie
Soutenue le 29-09-2017
Conception et caractérisation de nouveaux fluorophores organiques de la famille des triazapentalènes : outils pour l'imagerie cellulaire
par Doina Sirbu sous la direction de Franck Suzenet - Orléans
Chimie organique
Soutenue le 20-12-2016
Nouvelles approches pour l'analyse et la prédiction de la structure tridimensionnelle des protéines
par Yassine Ghouzam sous la direction de Jean-Christophe Gelly - Sorbonne Paris Cité
Médecine. Biothérapies et biotechnologies
Soutenue le 18-10-2016
