Daniel Gautheret
Daniel Gautheret a dirigé les 12 thèses suivantes :
k-mer based analysis for cancer transcriptomics at nucleotide resolution
par Haoliang Xue sous la direction de Daniel Gautheret - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 13-12-2021
Transcriptome and genome analysis based on alignment-free protocols
par Yunfeng Wang sous la direction de Daniel Gautheret et de Yang Du . - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 22-07-2021
Combining machine learning and reference-free transcriptome analysis for the identification of prostate cancer signatures
par Thi Ngoc Ha Nguyen sous la direction de Daniel Gautheret et de Yann Ponty . - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 18-12-2020
Identifier les variations conduisant au cancer dans le génome non codant et du transcriptome
par Jia Li sous la direction de Daniel Gautheret - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 14-12-2015
Caractérisation des ARN antisens chez l'homme et leur implication dans le cancer
par Zohra Saci sous la direction de Daniel Gautheret et de Antonin Morillon . - Paris 6
Bioinformatique
Soutenue le 21-01-2015
Approches bioinformatiques pour identifier et caractériser les ARN régulateurs chez les procaryotes
par Alban Ott sous la direction de Daniel Gautheret - Paris 11
Biologie
Soutenue le 13-02-2014
Étude de la co-évolution des éléments codants et non-codants des génomes bactériens
par Antonin Marchais sous la direction de Daniel Gautheret - Paris 11
Sciences biologiques. Gènes, génomes, cellules
Soutenue en 2010
Emergence of novel noncoding elements in eukaryotic genomes
par Chongjian Chen sous la direction de Liang Hu Qu et de Daniel Gautheret . - Paris 11
Sciences biologiques
Soutenue en 2010
Une approche à grande échelle pour la détection et l’analyse des atténuateurs de transcription bactériens
par Magali Naville sous la direction de Daniel Gautheret - Paris 11
Sciences biologiques. Séquence, structure et fonction des ARN
Soutenue en 2010
La régulation post-transcriptionelle : des mécanismes adaptés et intégrés
par William Ritchie sous la direction de Daniel Gautheret - Aix-Marseille 2
Bio-informatique
Soutenue en 2007
Recherche de motifs d'ARN non-codants : du messager au microARN
par Matthieu Legendre sous la direction de Daniel Gautheret - Aix-Marseille 2
Bio-informatique
Soutenue en 2005
Etude in silico de la polyadénylation alternative, un système de régulation post-transcriptionnelle de l'expression génique
par Emmanuel Beaudoing sous la direction de Daniel Gautheret - Aix-Marseille 2
Bioinformatique. Biologie structurale et génomique
Soutenue en 2001
Daniel Gautheret a été président de jury des 23 thèses suivantes :
Pre-mRNA 3'-end polyadenylation : impact on UV-induced DNA damage and on the translatability of immune-related genes
par Biswendu Biswas sous la direction de Caroline Robert et de Stéphan Vagner . - université Paris-Saclay
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 24-06-2022
Adaptation des micro-algues symbiotiques du corail aux changements environnementaux dans l’Océan Pacifique
par Julie Lê-Hoang sous la direction de Patrick Wincker - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 15-12-2021
Activité transcriptionnelle du chromosome X chez l'humain, des premiers stades embryonnaires à la cellule somatique adulte
par Louis Chauvière sous la direction de Claire Rougeulle - Université Paris Cité
Génétique
Soutenue le 03-12-2021
Contributions à la détection de marqueurs et à l'analyse de survie en oncologie
par Mathilde Sautreuil sous la direction de Paul-Henry Cournède et de Sarah Lemler . - université Paris-Saclay
Mathématiques appliquées
Soutenue le 12-02-2021
Study of the mechanisms of sexual differentiation in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe
par Vedrana Andric sous la direction de Mathieu Rougemaille - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 17-12-2020
Etude structurale et fonctionnelle des systèmes de modification t⁶A des ARNt dans les trois domaines du vivant.
par Sophia Missoury sous la direction de Herman Van tilbeurgh et de Bruno Collinet . - université Paris-Saclay
Biochimie et biologie structurale
Soutenue le 15-12-2020
Régulation de l’expression génique par le facteur de transcription SPI1/PU.1 dans l’érythroleucémie : mécanismes de répression des gènes par sa liaison à l’ADN, conséquences de sa liaison à l’ARN
par Lélia Polit sous la direction de Valentina Boeva et de Christel Guillouf . - université Paris-Saclay
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 11-12-2020
Décrypter la réponse thérapeutique des tumeurs en intégrant des données moléculaires, pharmacologiques et cliniques à l’aide de méthodes statistiques et informatiques
par Dimitri Carene sous la direction de Fabrice André et de Stefan Michiels . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Recherche clinique, innovation technologique, santé publique
Soutenue le 19-12-2019
New Mechanism of Action of Rapalogs : Transcriptional Regulation of TRIB3 and Alteration of Pre-mRNA Splicing
par Bojana Stefanovska sous la direction de Olivia Fromigué et de Fabrice André . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 12-07-2019
Algorithms for ab initio identification and classification of ncRNAs
par Ludovic Platon sous la direction de Fariza Tahi - Université Paris-Saclay (ComUE)
Informatique
Soutenue le 30-01-2019
Unsupervised deconvolution of bulk omics profiles : methodology and application to characterize the immune landscape in tumors
par Urszula Czerwińska sous la direction de Andrei Zinovyev et de Vassili Soumelis . - Sorbonne Paris Cité
Interdisciplinaire
Soutenue le 02-10-2018
Utilisation du séquençage à haut débit pour la sélection et l'ingénierie des aptamères
par Nam Nguyen Quang sous la direction de Frédéric Ducongé - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 15-09-2017
Study of the mechanisms of sexual differentiation in the fission yeast S. pombe
par Fabrizio Simonetti sous la direction de Mathieu Rougemaille - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 07-04-2017
A l’assaut du puzzle transcriptomique : optimisations, applications et nouvelles méthodes d’analyse pour le RNA-Seq
par Jérôme Audoux sous la direction de Thérèse Commes-Maerten et de Christophe Grosset . - Montpellier
Biologie Santé
Soutenue le 08-03-2017
Genomewide analysis of road-block termination
par Tito Candelli sous la direction de Domenico Libri - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 12-12-2016
Rôle de la protéine chaperonne Hfq dans la réponse des ARN messagers à la régulation par les petits ARN
par Benoit Guillemardet sous la direction de Nara Figueroa-Bossi - Université Paris-Saclay (ComUE)
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 23-09-2016
Altérations génétiques et épigénétiques dans la leucémie myélomonocytaire chronique - Modulation par les agents déméthylants
par Jane Merlevede sous la direction de Éric Solary et de Serge Koscielny . - Université Paris-Saclay (ComUE)
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 01-10-2015
Etude du contrôle de la transcription envahissante par la terminaison de la transcription
par Jean-Baptiste Briand sous la direction de Domenico Libri - Paris 11
Sciences de la vie et de la santé
Soutenue le 03-06-2015
Analyse intégrée de données de génomique et d’imagerie pour le diagnostic et le suivi du gliome malin chez l’enfant
par Cathy Philippe sous la direction de Vincent Frouin - Paris 11
Physique
Soutenue le 08-12-2014
Rôle de Hda1 dans la régulation de l'expression gènes par les longs ARN
par Mathieu Tisseur sous la direction de Antonin Morillon - Paris 11
Biologie moléculaire
Soutenue le 20-06-2013
Etude des mécanismes évolutifs perturbant l’organisation des gènes dans les génomes de vertébrés
par Camille Berthelot sous la direction de Hugues Roest Crollius - Paris 11
Génomique comparative et bioinformatique
Soutenue le 28-09-2012
Caractérisation de la régulation de la transcription par l'ARN polymérase III chez Saccharomyces cerevisiae
par Arounie Tavenet sous la direction de Joël Acker - Paris 11
Biologie
Soutenue le 10-11-2011
Caractérisation de marqueurs moléculaires associés à un haut risque de développement de métastases chez des patients atteints du mélanome de la choroïde
par Cecile Laurent sous la direction de Simon Saule - Paris 11
Bioinformatique
Soutenue le 26-09-2011
Daniel Gautheret a été rapporteur des 10 thèses suivantes :
Indexing and analysis of large sequencing collections using k-mer matrices
par Téo Lemane sous la direction de Pierre Peterlongo et de Rayan Chikhi . - Rennes 1
Informatique
Soutenue le 16-12-2022
In-silico analyses of cancer genomic instabilities and DNA repair deficiencies for diagnostics and treatment choice
par Alexandre Eeckhoutte sous la direction de Tatiana Popova et de Marc-Henri Stern . - Université Paris Cité
Oncogenèse
Soutenue le 16-12-2021
Activité transcriptionnelle du chromosome X chez l'humain, des premiers stades embryonnaires à la cellule somatique adulte
par Louis Chauvière sous la direction de Claire Rougeulle - Université Paris Cité
Génétique
Soutenue le 03-12-2021
Design and implementation of bioinformatic tools for RNA sequencing data analysis
par Claudio Lorenzi sous la direction de William Ritchie et de Alban Mancheron . - Montpellier
Biologie Santé
Soutenue le 20-10-2021
Zebrafish as a model to determine conserved gene regulatory mechanisms in vertebrates
par Yuvia Alhelí Pérez Rico sous la direction de Emmanuel Barillot et de Alena Shkumatava . - Sorbonne université
Génomique
Soutenue le 11-12-2018
Etude bioinformatique de l'épigénome au cours de la différenciation des lymphocytes T et des leucémies
par Mohamed Belhocine sous la direction de Salvatore Spicuglia et de Vahid Asnafi . - Aix-Marseille
Biologie. Bioinformatique et génomique
Soutenue le 13-12-2016
Etude de l'épissage grâce à des techniques de régression parcimonieuse dans l'ère du séquençage haut débit de l'ARN
par Elsa Bernard sous la direction de Jean-Philippe Vert - Paris Sciences et Lettres (ComUE)
Bio-informatique
Soutenue le 21-09-2016
Le complexe IMP3 protège ses ARNm cibles de la répression traductionnelle dépendante de Argonaute/GW182/miRNA
par Evgeny Deforzh sous la direction de Anna Polesskaya - Université Paris-Saclay (ComUE)
Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Soutenue le 11-12-2015
Une approche réseau pour l’inférence du rôle des microARN dans la corégulation des processus biologiques
par Ricky Bhajun sous la direction de Xavier Gidrol , Christian Lajaunie et de Laurent Guyon . - Université Grenoble Alpes (ComUE)
Modèles, méthodes et algorithmes en biologie, santé et environnement
Soutenue le 08-10-2015
Genomic Profiling of Pediatric Low-Grade Gliomas
par Guillaume Bergthold sous la direction de Marc Kieran et de Rameen Beroukhim . - Paris 11
Cancérologie
Soutenue le 30-09-2015
Daniel Gautheret a été membre de jury des 8 thèses suivantes :
Variation génétique et plasmatique des microARNs : impact sur les paramètres biologiques de l’hémostase
par Florian Thibord sous la direction de David-Alexandre Trégouët - Sorbonne université
Bioinformatique et épidémiologie génétique
Soutenue le 11-12-2019
Identification d'ARN régulateurs bactériens : développement d’une méthode de détection et étude de la régulation post-transcriptionnelle chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii
par Simon Leonard sous la direction de Sylvie Reverchon-Pescheux et de Florence Hommais . - Lyon
Microbiologie
Soutenue le 05-12-2018
Analysis of chromosome conformation data and application to cancer
par Nicolas Servant sous la direction de Emmanuel Barillot et de Edith Heard . - Paris 6
Complexité du vivant
Soutenue le 22-11-2017
Modèles prédictifs utilisant des données moléculaires de haute dimension pour une médecine de précision en oncologie
par Charles Ferte (Ferté) sous la direction de Jean-Charles Soria - Paris 11
Cancérologie - Biochimie, Biologie cellulaire et moléculaire
Soutenue le 17-12-2013
Apports de l' analyse et l'intégration de données génomiques pour l'étude de la transcription et des réseaux de régulation dans le système hématopoïétique
par Cyrille Lepoivre sous la direction de Christine Brun et de Denis Puthier . - Aix-Marseille
Génomique et Bioinformatique
Soutenue le 14-11-2012
Analyse bioinformatique du contrôle des éléments transposables par les siARN chez Arabidopsis thaliana
par Alexis Sarazin sous la direction de Martine Boccara et de Vincent Colot . - Paris 11
Biologie
Soutenue le 23-10-2012
Structure and conformational rearrangements during splicing of the ribozyme component of group II introns
par Cheng-Fang Li sous la direction de François Michel et de Jenn Tu . - Paris 11
Sciences du vivant
Soutenue le 27-06-2011
Modélisation de séquences génomiques structurées, génération aléatoire et applications
par Yann Ponty sous la direction de Alain Denise - Paris 11
Informatique
Soutenue en 2006
