Principes et dynamique qui gouvernent la transmission des infections à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis, étudiés par approche génomique

par Cyril Conde

Projet de thèse en Sciences de la Vie et de la Santé

Sous la direction de Franck Biet.

Thèses en préparation à Tours , dans le cadre de Santé, Sciences Biologiques et Chimie du Vivant - SSBCV , en partenariat avec Infectiologie et Santé publique (laboratoire) depuis le 17-09-2019 .


  • Résumé

    La Paratuberculose est une infection majeure des ruminants, qui reste endémique dans le monde entier, malgré des investissements importants dans le déploiement de programmes de contrôle. C'est une maladie inflammatoire chronique de l'intestin des ruminants causée par Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). Principalement présente dans les filières d'élevage laitier, elle est incurable et provoque au stade clinique des diarrhées persistantes entrainant la mort de l'animal. D'évolution très lente, la maladie est systématiquement diagnostiquée trop tardivement. La vaccination est, quant à elle, soumise à autorisation et ne peut être largement étendue, car elle crée des interférences avec le dépistage de la tuberculose bovine (bTB). Malgré la mise en place des programmes de contrôle dans la plupart des pays développés, moyennant des efforts financiers conséquents, le taux de prévalence de la paratuberculose reste à un niveau très élevé, autour de 50% pour les cheptels Européens. Ceci tend à démontrer que les mesures de contrôle actuelles ne sont pas efficaces ou, que d'autres facteurs mal identifiés entravent la prévention et le contrôle de cette maladie. En effet, les experts (« main knowledge gaps » Discontools 2017) pointent des manques de connaissances sur, le niveau et les modalités d'exposition des animaux à Map, sur les routes de transmission, le rôle de la faune sauvage et de l'environnement qui semblent clef pour expliquer la dynamique de cette maladie infectieuse. L'objectif de ce projet de thèse est de mieux comprendre les principes et la dynamique qui gouvernent la transmission des infections à Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis au moyen d'approches innovantes basées sur l'analyse de génomes entiers d'un large panel de souches d'intérêt, isolées de foyers endémique de paratuberculose.

  • Titre traduit

    Principles and dynamics governing the transmission of Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis investigated by genomic approach


  • Résumé

    Paratuberculosis is a major ruminant infection, which remains endemic worldwide, despite significant investments in the deployment of control programs. It is a chronic inflammatory bowel disease of ruminants caused by Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis (Map). Mainly present in dairy farming, it is incurable and causes persistent diarrhea in the clinical stage leading to the death of the animal. With a very slow evolution, the disease is systematically diagnosed too late. Vaccination is subject to authorization and can not be widely expanded because it interferes with the detection of bovine tuberculosis (bTB). Despite the implementation of control programs in most developed countries, with significant financial efforts, the prevalence rate of paratuberculosis remains at a very high level, around 50% for European herds. This tends to show that current control measures are not effective or that other poorly identified factors hinder the prevention and control of this disease. Indeed, the experts ("main knowledge gaps" Discontools 2017) point to a lack of knowledge about the level and mode of exposure of animals to Map, on the transmission routes, the role of wildlife, or even environment that seem key to explain the dynamics of this infectious disease. The aim of this thesis project is to better understand the principles and dynamics that govern the transmission of Mycobacterium avium ssp. paratuberculosis using innovative approaches based on whole genome analysis of a wide range of strains of interest, isolated from endemic paratuberculosis outbreaks.