A la découverte du paysage moléculaire fonctionnel des longs ARN non codants dans les cancers du sein triple négatifs chimiorésistants.

par Nouritza Torossian

Projet de thèse en Génomique

Sous la direction de Antonin Morillon et de Sergio Roman-roman.

Thèses en préparation à l'Université Paris sciences et lettres , dans le cadre de École doctorale Complexité du vivant (Paris) , en partenariat avec DYNAMIQUE DE L'INFORMATION GENETIQUE : BASES FONDAMENTALES ET CANCER (laboratoire) et de Institut Curie (établissement opérateur d'inscription) depuis le 04-11-2019 .


  • Résumé

    Les cancers du sein triple négatifs (CSTN) sont les cancers du sein (CS) de plus mauvais pronostic et n'ont pas de cibles moléculaires codantes connues. Les longs ARNs non codants (ARNlnc) sont impliqués dans différentes étapes de la biologie du cancer. L'étude des ARNlnc dérégulés ayant une valeur prédictive/pronostique dans les CS a jusqu'à présent été limitée aux transcrits déjà connus, avec souvent peu d'études fonctionnelles et données cliniques associées. Notre objectif est de définir un paysage moléculaire plus complet des ARNlnc dérégulés dans les CSTN chimiorésistants et d'étudier leur impact phénotypique et fonctionnel. Nous utiliserons des échantillons tumoraux humains, des lignées cellulaires et des xénogreffes dérivées de patients issus de CSTN chimiosensibles et chimiorésistants fournis par le département de transfert de l'Institut Curie pour faire du séquençage ARN à haut débit (RNA-seq) en utilisant des outils bioinformatiques ad hoc developpés en interne pour découvrir de nouveaux ARNlnc associés à la chimiorésistance des CSTN. Nous sélectionnerons les ARNlnc les plus dérégulés dans les CSTN chimiorésistants pour réaliser des études phénotypiques et fonctionnelles avec les techniques les plus récentes (CRISPR, incPRINT, ChIRP, SILAC), après confirmation préalable de leur dérégulation par RTqPCR et smFISH sur échantillons humains et lignées cellulaires. Nous avons déjà un ARNlnc candidat nommé HAR1A (Human Accelerated Region 1A), dont la surexpression dans les CSTN est associée à une survie globale diminuée et dont l'expression augmente après chimiothérapie, suggérant qu'il pourrait être impliqué dans la transition épithélio-mésenchymateuse chimio-induite, possible mode de chimiorésistance notamment dans les cancers de l'ovaire. Nous espérons ainsi découvrir de nouveaux ARNlnc ayant une pertinence fonctionnelle dans la chimiorésistance des CSTN, sources potentielles de biomarqueurs prédictifs de chimiorésistance et de cibles thérapeutiques.

  • Titre traduit

    Discovering functional long non-coding RNA landscape of chemoresistant triple negative breast cancers.


  • Résumé

    Triple Negative Breast Cancers (TNBC) have the worst prognosis among Breast Cancers (BC) and lack coding molecular target. Long noncoding RNAs (lncRNAs) were shown to be involved in different steps of cancer biology. Multiple studies tried to define a landscape of deregulated lncRNAs in BC possessing predictive/prognostic values but were limited to already known transcripts, missed sufficient clinical data and were often not followed by functional studies. Our aim is to identify a more complete dataset of lncRNAs playing a role in TNBC chemoresistance, and to focus on phenotype and function associated with deregulation of most prominent lncRNAs. We will use patient samples, cell lines and Patient Derived Xenograft (PDX) models of chemosensitive and chemoresistant TNBC provided by Institut Curie's Translational Research Department to perform RNA-seq and in-house bioinformatics tools to discover new lncRNAs associated with TNBC chemoresistance. We will select the most differentially expressed lncRNAs associated with chemoresistance to perform phenotypic and functional studies with most up to date techniques (CRISPR, incPRINT, ChIRP, SILAC). Beforehand, we will confirm candidate lncRNAs by RT-qPCR and single molecule in situ hybridization (smFISH) both on tissue samples and cell lines to select the most relevant lncRNAs involved in TNBC chemoresistance. We already have one lncRNA candidate to test called HAR1A (Human Accelerated Region 1A). Our preliminary data show in fact that TNBC overexpressing HAR1A have the worst overall survival and HAR1A is upregulated in TNBC after chemotherapy exposure, suggesting that HAR1A could be involved in chemotherapy induced epithelial–mesenchymal transition which could be a mode of chemoresistance, as already shown in ovarian cancer. We expect to find new lncRNAs having a functional relevance in TNBC chemoresistance, as potential candidates for chemoresistance predictive biomarkers or future therapeutic targets in TNBC.