Nouveaux modèles et algorithmes pour l’identification des interactions de petits ARNs non codants avec tous types d’ARNs, intra et inter-espèces

New models and algorithms for the identification of sncRNA-(snc)RNA interactions intra and across-species/kingdom

• Auteur / Autrice : Nicolas Homberg
• Direction : Marie-France Sagot, Christine Gaspin
• Type : Thèse de doctorat
• Discipline(s) : Bioinformatique
• Date : Soutenance le 15/06/2023
• Etablissement(s) : Lyon 1
• Ecole(s) doctorale(s) : École doctorale Evolution Ecosystèmes Microbiologie Modélisation
• Partenaire(s) de recherche : Laboratoire : Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
• Jury : Président / Présidente : Cristina Vieira-Heddi
• Jury : Examinateurs / Examinatrices : Marie-France Sagot, Christine Gaspin, Étienne Birmelé, Thierry Lecroq, Yves Quentin
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Étienne Birmelé, Alain Denise

Mots clés

Mots clés contrôlés

Cancer

Cancer -- Recherche

ARN

ARN messagers

Cellules eucaryotes

Mots clés libres

MiARN

Interactions miARN-ARNm

Seed

Accessibilité

Conservation intra-espèce

Prédiction interaction miARN-ARNm

CLASH

Motif

MiRNA

MiRNA-mRNA interactions

Seed

Accessibility

Intra-species conservation

MiRNA-mRNA interaction prediction

CLASH

Pattern

Résumé

Les microARNs (miARNs) sont de petit ARNs non codant présents dans tous les eucaryotes qui régulent, positivement ou négativement, l'expression des ARN messagers (ARNms). Les miARNs ont un potentiel important pour de futurs traitements du cancer et d'autres maladies. Les interactions miARN-ARNm dépendent d'une variété de mécanismes complexes, tels que la complémentarité des séquences, l'accessibilité et la conservation. Cette thèse se concentre sur deux de ces mécanismes, à savoir l'accessibilité et la conservation intra-espèce du site d'interaction, en utilisant des données expérimentales de Cross-linking, Ligation And Sequencing of Hybrids (CLASH). Bien que l'accessibilité des sites d'interaction sur les ARNms soit généralement observée, cela n'est pas le cas pour toutes les interactions. La conservation intra-espèce est un mécanisme peu considéré que nous avons étudiée au travers la recherche de motifs conservés dans les ARNms. Bien que les résultats obtenus soient bruités, il est possible de retrouver via ces motifs certains sites d'interaction sur les ARNms.

MicroRNAs (miRNAs) are non-coding RNAs present in eukaryotes that regulate the expression of messenger RNAs (mRNAs) up or down. These miRNAs have significant potential in future treatment of cancer and other diseases. The miRNA-mRNA interactions are intricate and involve various mechanisms, such as sequence complementarity, accessibility, and conservation. This thesis focuses on two such mechanisms, namely accessibility and intra-species conservation of the site of interaction, using experimental data from Cross-linking, Ligation And Sequencing of Hybrids (CLASH). Although the accessibility of interaction sites on mRNAs is generally observed, it is not consistent for all interactions. Intra-species conservation is a rare feature, which we explore by inferring conserved motifs from mRNA interaction sites. Although the results are noisy, in some specific cases, we manage to retrieve some mRNA interaction sites from the inferred motifs.