Etude et modélisation des impacts des pratiques agricoles sur la dynamique de la distribution des communautés microbiennes des sols à l'échelle du paysage

par Laurie Dunn

Projet de thèse en Biologie des populations et écologie

Sous la direction de Nicolas Chemidlin Prevost-Bouré, Nicolas Marilleau et de Christophe Lang.

Thèses en préparation à Bourgogne Franche-Comté , dans le cadre de École doctorale Environnements, Santé (Dijon ; Besançon ; 2012-....) , en partenariat avec Agroécologie (Dijon) (laboratoire) depuis le 10-12-2018 .


  • Résumé

    Les communautés microbiennes des sols sont reconnues comme centrales pour la fertilité des sols et sont des bioindicateurs pour évaluer l'impact des pratiques agricoles sur les sols. L'enjeu est de favoriser leur utilisation pour accompagner/accélérer l'innovation en équipant les acteurs du monde agricole pour évaluer à priori les impacts des changements de pratiques sur la composante microbienne des sols avant de les mettre en œuvre et les valider. L'objectif de la thèse est de caractériser les dynamiques spatiales et temporelles des communautés microbiennes des sols à l'échelle d'un paysage agricole pour les modéliser et proposer un outil d'aide à la décision (OAD) aux acteurs du monde agricole. Elle utilisera une approche pluridisciplinaire mêlant écologie microbienne, évaluation environnementale, informatique et modélisation, associée à une démarche de modélisation participative mobilisant le savoir-faire des acteurs (chercheurs, conseillers agricoles et agriculteurs). Elle s'appuiera sur le paysage agricole de Fénay (1200ha, Dijon, 21) pour lequel les communautés microbiennes du sol ont été caractérisées en 2011 et 2016 et les pratiques agricoles connues. La généricité de l'OAD sera évaluée sur les données du Réseau d'Expérimentation et de Veille Agricole initié en 2017, réseau qui couvre une grande diversité pédologique et dont qui met en œuvre les mêmes méthodologies que le paysage de Fénay.

  • Titre traduit

    Studying and modelling soil microbial communities dynamics at a landscape scale in response to agricultural practices


  • Résumé

    Soil Microbial communities play a major role in soil fertility and are important as bioindicators to evaluate the impacts of agricultural practices on soils. The challenge is to promote their use in order to support / accelerate innovation by proposing to farmers the tools necessary to assess the impacts practices modifications on the soil microbial composition before implementing and validating them. The goal of this thesis is to characterize spatial and temporal dynamics of soil microbial communities at the scale of an agricultural landscape in order to create models and propose a Decision Support Instrument (DSI) for stakeholders in the agricultural communities. This will use a multi-disciplinary approach combining microbial ecology, environment assessment, Computer analysis and modeling, associated to a participatory approach which effectively mobilize stakeholders' knowledge (scientists, agricultural advisors and growers). This study will be based on data collected in Fénay agricultural landscape (1200 ha, Dijon, 21, France) where soil microbial communities were characterized in 2011 and 2016 and farming practices are known. The genericity of the model will be evaluated on the experimental network and scientific watch data which covers a large pedological diversity with the same methodology that was used for Fénay landscape.