Développement d'un nouveau système de monitoring des mutations dans les nouveaux mécanismes de la réparation de l'ADN couplée à la transcription

par Eliet Sipos

Projet de thèse en Génétique

Sous la direction de Julie Soutourina et de Florent Malloggi.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Structure et Dynamique des Systèmes Vivants (Gif-sur-Yvette, Essonne ; 2015-....) , en partenariat avec Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (laboratoire) et de Université Paris-Sud (1970-2019) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 01-10-2018 .


  • Résumé

    L'intégrité et l'expression du génome sont essentielles pour le fonctionnement de la cellule. La dérégulation de la transcription, la première étape d'expression des gènes, et les défauts de la réparation de l'ADN mènent à un nombre de maladies graves. L'équipe de J. Soutourina a récemment découvert un lien inattendu entre la transcription et la réparation de l'ADN qui pourrait impliquer le phénomène de mutagénèse associée à la transcription. Dans ce projet, nous nous proposons de développer un nouveau système de monitoring permettant de suivre l'apparition de mutations spontanées chez la levure Saccharomyces cerevisiae afin d'analyser de nouveaux mécanismes de réparation de l'ADN couplés à la transcription. Le projet est basé sur les compétences complémentaires de nos deux laboratoires en biologie intégrative et génomique fonctionnelle (J. Soutourina) et microfluidique et physique d'interfaces (F. Malloggi). Un système microfluidique que nous allons développer permettrade créer des rétrécissements de population au cours de 100 générations et d'analyser par séquençage à haut débit (NGS) le spectre de mutations dans différents contextes génétiques. Le projet nous permettra d'évaluer à l'échelle du génome le rôle des composants de la machinerie de la réparation couplée à la transcription.

  • Titre traduit

    Development of a new system for mutation monitoring in new DNA repair mechanisms coupled with transcription


  • Résumé

    The integrity and expression of the genome are essential functions of the cell. Deregulation of transcription, the first step of gene expression, and defects in DNA repair lead to a number of serious diseases. The group of J. Soutourina recently discovered an unexpected link between transcription and DNA repair that could involve the phenomenon of transcription- associated mutagenesis. In this project we propose to develop a new monitoring system for spontaneous mutations accumulation in yeast Saccharomyces cerevisiae in order to analyse new DNA repair mechanisms coupled with transcription. The project is based on the complementary skills of our two laboratories in integrative biology and functional genomics (J. Soutourina) and microfluidics and interface physics (F. Malloggi). A microfluidic system that we will develop will allow the growth of yeast populations over 100 generations through population bottlenecks and the analysis of the mutation spectrum of in different genetic contexts by high-throughput sequencing (NGS). The project will allow us to evaluate the role of the components of the repair machinery coupled with transcription.