Développement d'outils et de méthodes de sélection génomique pour le bar et la daurade

par Ronan Griot

Projet de thèse en Génétique animale

Sous la direction de Marc Vandeputte, François Allal et de Sophie Brard-fudulea.

Thèses en préparation à Paris Saclay , dans le cadre de École doctorale Agriculture, Alimentation, Biologie, Environnement, Santé (Paris ; 2015-....) , en partenariat avec GABI - Génétique animale et Biologie intégrative UMR1313 (laboratoire) , Génétique et Aquaculture (GenAqua) (equipe de recherche) et de AgroParisTech (France) (établissement de préparation de la thèse) depuis le 08-01-2018 .


  • Résumé

    La sélection génomique révolutionne la gestion des populations d'élevage depuis 10 ans. En aquaculture, elle commence à être utilisée chez le saumon. En s'appuyant sur le développement de puces de génotypage à 57.000 SNP chez le bar et la daurade, espèces majeures de l'aquaculture méditerranéenne, et sur des phénotypes de résistance à des pathogènes majeurs (nodavirose et vibriose chez le bar, pasteurellose chez la daurade), le doctorant : - Caractérisera l'architecture génétique des résistances à ces pathologies, dans des populations commerciales et expérimentales - Proposera des modèles d'évaluation génomique adaptés et évaluera leur efficacité - Evaluera la pertinence de l'utilisation de SNP pour l'obtention de pedigrees a posteriori, en remplacement des marqueurs microsatellites actuellement utilisés sélection aquacole.

  • Titre traduit

    Development of tools and methods for the implementation of the genomic selection for sea bass and sea bream


  • Résumé

    The genomic selection is revolutioning the management of livestocks for 10 years. In aquaculture, it starts to be used by the salmon breeders. Thanks to the development of the genotyping chips 57K SNPs for the sea bass and the sea bream, two of the most important species in the mediterranean aquactulture, and the phenotypes of resistance to major pathogens (nodavirus and vibriosis for the seabass, pasteurellosis for the sea bream), the phD student will : - Caracterize the genetic architecture of the resistances to those pathogens in both commercial and expermiental populations. - Propose genomic evalution models and evaluate their efficience. - Evaluate the relevance of the use of SNPs of the pedigree obtention, by changing the microsatellite markers used in aquaculture selection.