CULTURE ET DESCRIPTION DES BACTERIES ANAEROBIES DU MICROBIOTE DIGESTIF.

Culture and Description of Strict Anaerobic Bacteria in the Digestive Microbiota

• Auteur / Autrice : Sokhna Ndongo
• Direction : Didier Raoult
• Type : Projet de thèse
• Discipline(s) : Biologie santé
• Date : Soutenance en 2019
• Etablissement(s) : Aix-Marseille
• Ecole(s) doctorale(s) : Sciences de la vie et de la santé (62)
• Jury : Président / Présidente : Valerie Moal
• Jury : Rapporteurs / Rapporteuses : Ziad Daoud, Max Maurin

Mots clés

Mots clés libres

Bactéries anaérobies

Techniques de culture

Culturomics

Spectrométrie de mass MALDI-TOF

Bactéries extrêmement sensible à l'oxygène

Anaerobic bacteria

Culture techniques

Culturomics

Maldi-tof ms

Extremely oxygen sensitive bacteria

Résumé

Le microbiote intestinal est largement dominé par les bactéries anaérobies strictes et de nombreux efforts ont été consacrés à l'isolement de ses microorganismes. Cependant, ces efforts restent insuffisants par rapport à leur implication croissante dans les infections et pathologies humaines. L’isolement des bactéries anaérobies strictes reste un processus difficile, fastidieux et à faible débit dû probablement à des obstacles tels que le manque d’informations sur leur biologie et leur écologie. En utilisant le concept de Microbial culturomics dans cette thèse, nous avons mis en place des stratégies et techniques de culture pour optimiser l’isolement des bactéries intolérantes à l’oxygène mais aussi des espèces d’intérêt médical majeur. Dans un premier temps, 200 échantillons de selles fraiches provenant du laboratoire de routine de l’hôpital de la Timone (France, Marseille) ont été analysés. Nous avons isolé 60 nouvelles espèces bactériennes dont 54 étaient des bactéries anaérobies strictes et 1 appartenant au phylum des Synergistes (phylum très rare). Ensuite nous avons pu isoler à partir de selles fraiches provenant de 9 donneurs volontaires sains, 12 nouvelles souches d’une espèce nommée Faecalibacterium massiliensis et une autre nouvelle espèce nommée Faecalibacterium timonensis. Plusieurs souches d’Akkermansia muciniphila ont été isolées au cours de ce travail. De plus, nous avons également réussi à isoler deux nouvelles espèces de Christensenella (C. massiliensis et C. timonensis). Grâce à l’approche Taxonogénomique, plusieurs espèces ont été décrites et la diversité des espèces du genre Faecalibacterium a été mise en évidence pour la première fois.

Intestinal microbiota was largely dominated by strict anaerobic bacteria, and many efforts have been devoted to isolate of these microorganisms. However, these efforts remain insufficient to report their increasing involvement in human infections and diseases. The isolation of strict anaerobic bacteria remains difficult, fastidious and at low throughput, probably due to obstacles such as a lack of information on their biology and ecology. Using Microbial Culturomics concept in this thesis, we have implemented strategies and culture techniques to optimize the isolation of oxygen-intolerant bacteria as well as species of major medical interest. In the first time, 200 fresh stool samples from the routine laboratory from Timone Hospital (France, Marseille) were analysed. We isolated 60 new bacterial species of which, 54 were strict anaerobic bacteria and one belonged to the Synergists phylum (very rare phylum). Thus, we were able to isolate 12 new strains of a species called Faecalibacterium massiliensis and another new species called Faecalibacterium timonensis from fresh stools of healthy volunteer donors. Several strains of Akkermansia muciniphila have been isolated during this work. In addition, we were also able to isolate two new species of Christensenella (C.massiliensis and C. timonensis). Through the Taxonogenomic approach, several species have been described and the diversity of species of the genus Faecalibacterium has been highlighted for the first time.