Identification de mécanismes immunitaires et métaboliques d'interactions hôte-microbiome par analyses bioinformatiques et fonctionnelles

par Héloïse Tudela

Projet de thèse en Bioinformatique

Sous la direction de Maya Saleh.

Thèses en préparation à Bordeaux , dans le cadre de École doctorale Sciences de la vie et de la santé , en partenariat avec Immunologie Conceptuelle, Expérimentale et Translationnelle (laboratoire) depuis le 15-05-2020 .


  • Résumé

    La bactérie Christensenella minuta, isolée par le Pr Morotomi en 2012, a été décrite par plusieurs études comme une bactérie clé du microbiome intestinal humain. En effet, plusieurs études ont montré que cette bactérie est significativement plus abondante chez les personnes présentant un faible indice de masse corporelle. Plusieurs facteurs sanguins, comme les triglycérides circulants ou les HDL se sont révélés respectivement négativement et positivement corrélés avec ces bactéries. De ce fait, l'étude de ces bactéries a été une priorité pour LNC Therapeutics afin d'utiliser leur potentiel dans le traitement de l'obésité mais également de rechercher de nouvelles applications à ces bactéries, notamment dans le domaine de l'inflammation. Le but de cette étude sera de caractériser les interactions hôte-christensenella par des approches de génomique intégrative. Pour cela, les génomes de C. minuta possédés par LNC Therapeutics seront cartographiés afin de permettre des études du métabolisme de ces bactéries dans différents états physiologiques ainsi que l'identification d'interaction clés régissant la relation hôte-christensenella.

  • Titre traduit

    Identification of immune and metabolic mechanisms of host-microbiome interactions using bioinformatic and functional analyses


  • Résumé

    Christensenella minuta is a bacterium, isolated for the first time in 2012 by Pr Morotomi, which was described in several studies as a keystone bacteria of the human microbiome. In fact, studies showed that those bacteria are significantly more abundant in the microbiome of lean subjects. Several blood factors, such as triglycerides and HDL cholesterol, were respectively negatively and positively correlated with its presence in the microbiome of human subjects in various cohorts. Thus LNC Therapeutics has focused its research plan on leveraging the potential of C. minuta in the treatment of obesity as well as investigating new indications, particularly in inflammatory disorders. The aim of this study is to characterize the host-christensenella interactions using integrative genomic approaches. The genomes of several C. minuta strains owned by LNC Therapeutics will be mapped in order to allow investigations of the metabolism of those bacteria in several physiological conditions. Futhermore, key interactions involved in the host-christensenella relationship will be investigated using a combination of in vitro and in vivo approaches.